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- PDB-9in9: Structure of the viral channelrhodopsin OLPVR1 at low pH obtained... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9in9
タイトルStructure of the viral channelrhodopsin OLPVR1 at low pH obtained by soaking
要素Viral rhodopsin OLPVR1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / ChR2 / open state / open channel / ChRMine / cation-conducting ChR
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate / EICOSANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Organic Lake phycodnavirus (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Zabelskii, D. / Astashkin, R. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-CE11-0029-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0026 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-LABX-0015-01 フランス
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Ion-conducting and gating molecular mechanisms of channelrhodopsin revealed by true-atomic-resolution structures of open and closed states.
著者: Zabelskii, D. / Bukhdruker, S. / Bukhalovich, S. / Tsybrov, F. / Lamm, G.H.U. / Astashkin, R. / Doroginin, D. / Matveev, G. / Sudarev, V. / Kuzmin, A. / Zinovev, E. / Vlasova, A. / Ryzhykau, ...著者: Zabelskii, D. / Bukhdruker, S. / Bukhalovich, S. / Tsybrov, F. / Lamm, G.H.U. / Astashkin, R. / Doroginin, D. / Matveev, G. / Sudarev, V. / Kuzmin, A. / Zinovev, E. / Vlasova, A. / Ryzhykau, Y. / Ilyinsky, N. / Gushchin, I. / Bourenkov, G. / Alekseev, A. / Round, A. / Wachtveitl, J. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2024年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viral rhodopsin OLPVR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,81727
ポリマ－28,1271
非ポリマー7,69026
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.235, 115.755, 53.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Viral rhodopsin OLPVR1


分子量: 28127.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Organic Lake phycodnavirus (環境試料)
遺伝子: 162281038 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: F2Y337

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非ポリマー , 5種, 137分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-97N / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate / 1-O-[(Z)-9-ヘキサデセノイル]-L-グリセロ-ル


分子量: 328.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O4
#4: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, 900 mM NaCl, and 24% (w/v) PEG 6000; Soaked: 100 mM sodium citrate pH 2.5, 900 mM NaCl, and 24% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→33.42 Å / Num. obs: 36461 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.41→1.55 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1824 / CC1/2: 0.316 / Rpim(I) all: 0.952 / % possible all: 75.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE3データ収集
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AKY

7aky


解像度: 1.41→33.42 Å / SU ML: 0.1651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.9591
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1781 4.89 %
Rwork0.1877 34643 -
obs0.1892 36424 64.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→33.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 220 111 2231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93123979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0745427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.71151097
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.440.290650.3946165X-RAY DIFFRACTION4.06
1.44-1.490.3796250.3294391X-RAY DIFFRACTION9.78
1.49-1.530.3186480.2904851X-RAY DIFFRACTION20.99
1.53-1.590.3152660.31021258X-RAY DIFFRACTION30.93
1.59-1.650.34631040.31251868X-RAY DIFFRACTION45.88
1.65-1.730.3331160.29322527X-RAY DIFFRACTION61.48
1.73-1.820.31121470.27733291X-RAY DIFFRACTION80.61
1.82-1.930.27811860.24043794X-RAY DIFFRACTION91.49
1.93-2.080.24042070.19164070X-RAY DIFFRACTION98.89
2.08-2.290.19962040.17124083X-RAY DIFFRACTION98.42
2.29-2.620.20022340.16284048X-RAY DIFFRACTION97.94
2.62-3.30.19282020.16694120X-RAY DIFFRACTION97.32
3.3-33.420.21362370.18474177X-RAY DIFFRACTION95.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.536372574531-0.318507649023-0.1154151340730.6831078703560.334048605950.09691422585760.06248524603240.01274054795090.0570924694871-0.06362654423620.0148860843828-0.0120857562194-0.2969880230830.155524315150.0002194902259420.220853231135-0.0548852148503-0.004547533519510.2316080579890.0005149788289930.2438092920951.1577848985429.2224467102-1.30915513773
20.914522879862-0.4616239152180.2500621478730.673038142045-0.1353064630590.3031211059840.205036319864-0.006900561151370.07399725877630.08201712482470.0942417983042-0.10636749197-0.6276888285350.3109032498670.007874327866210.194414768443-0.0426485537214-0.01643719881120.17164471487-0.01901530386660.226634169172.932503633421.01966357121.60541148831
31.08836430501-0.3477471145790.013048281281.200700594740.02917597150831.17987615073-0.002048933764090.0535141874122-0.0958705501935-0.0377656196093-0.01330095860410.08032836662430.137324139721-0.0402677552439-0.0001959553268030.148687375791-0.000387000517556-0.01367222232620.135730567342-0.01366807418420.16696153901-8.6849737691110.6627132748-0.167743050647
40.960326061623-0.345969641773-0.03385196505490.853000909864-0.5095256682550.3170463193060.126288207809-0.0945334977893-0.01914709874150.005013551090520.118154438782-0.152885736675-0.1482016599970.1250710894240.0004980575965610.161951893052-0.00560601369458-0.01538585969960.166559975867-0.003217507750080.200301626202-5.7664546894124.9408548336-0.20015078963
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 31 )2 - 312 - 31
22chain 'A' and (resid 32 through 64 )32 - 6432 - 64
33chain 'A' and (resid 65 through 186 )65 - 18665 - 186
44chain 'A' and (resid 187 through 225 )187 - 225187 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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