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- PDB-9imp: The complex of PDZ3 and PBM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9imp
タイトルThe complex of PDZ3 and PBM
要素
  • INSC spindle orientation adaptor protein
  • Partitioning defective 3 homolog
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex / protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / regulation of cellular localization / PAR polarity complex / apical constriction / asymmetric cell division / establishment of centrosome localization / establishment of epithelial cell polarity ...Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / regulation of cellular localization / PAR polarity complex / apical constriction / asymmetric cell division / establishment of centrosome localization / establishment of epithelial cell polarity / positive regulation of myelination / lateral loop / bicellular tight junction assembly / Schmidt-Lanterman incisure / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / myelination in peripheral nervous system / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / protein targeting to membrane / wound healing, spreading of cells / centrosome localization / apical junction complex / establishment of cell polarity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / bicellular tight junction / axonal growth cone / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / endomembrane system / phosphatidylinositol binding / adherens junction / microtubule cytoskeleton organization / spindle / cell junction / intracellular protein localization / cell-cell junction / cell cortex / protein phosphatase binding / cell adhesion / apical plasma membrane / cell division / neuronal cell body / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain / Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain superfamily / Inscuteable LGN-binding domain / Inscuteable / Protein inscuteable homologue, C-terminal domain / Protein inscuteable C-terminal / Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain / Protein inscuteable homologue, LGN-binding domain superfamily / Inscuteable LGN-binding domain / Inscuteable / Protein inscuteable homologue, C-terminal domain / Protein inscuteable C-terminal / Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
INSC spindle orientation adaptor protein / Partitioning defective 3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Huang, S.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31871394 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: mInsc coordinates Par3 and NuMA condensates for assembly of the spindle orientation machinery in asymmetric cell division.
著者: Huang, S. / Fu, M. / Gu, A. / Zhao, R. / Liu, Z. / Hua, W. / Mao, Y. / Wen, W.
履歴
登録2024年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Partitioning defective 3 homolog
G: INSC spindle orientation adaptor protein
B: Partitioning defective 3 homolog
H: INSC spindle orientation adaptor protein
C: Partitioning defective 3 homolog
I: INSC spindle orientation adaptor protein
D: Partitioning defective 3 homolog
J: INSC spindle orientation adaptor protein
E: Partitioning defective 3 homolog
K: INSC spindle orientation adaptor protein
F: Partitioning defective 3 homolog
L: INSC spindle orientation adaptor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,52612
ポリマ－78,52612
非ポリマー00
水73941
1
A: Partitioning defective 3 homolog
G: INSC spindle orientation adaptor protein
D: Partitioning defective 3 homolog
J: INSC spindle orientation adaptor protein
E: Partitioning defective 3 homolog
K: INSC spindle orientation adaptor protein

B: Partitioning defective 3 homolog
H: INSC spindle orientation adaptor protein
C: Partitioning defective 3 homolog
I: INSC spindle orientation adaptor protein
F: Partitioning defective 3 homolog
L: INSC spindle orientation adaptor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,52612
ポリマ－78,52612
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area12760 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area28810 Å2
手法PISA
2
A: Partitioning defective 3 homolog
G: INSC spindle orientation adaptor protein
D: Partitioning defective 3 homolog
J: INSC spindle orientation adaptor protein
E: Partitioning defective 3 homolog
K: INSC spindle orientation adaptor protein

B: Partitioning defective 3 homolog
H: INSC spindle orientation adaptor protein
C: Partitioning defective 3 homolog
I: INSC spindle orientation adaptor protein
F: Partitioning defective 3 homolog
L: INSC spindle orientation adaptor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,52612
ポリマ－78,52612
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area12320 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area29250 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area28130 Å2
手法PISA
4
A: Partitioning defective 3 homolog
G: INSC spindle orientation adaptor protein
D: Partitioning defective 3 homolog
J: INSC spindle orientation adaptor protein
E: Partitioning defective 3 homolog
K: INSC spindle orientation adaptor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2636
ポリマ－39,2636
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
5
B: Partitioning defective 3 homolog
H: INSC spindle orientation adaptor protein
C: Partitioning defective 3 homolog
I: INSC spindle orientation adaptor protein
F: Partitioning defective 3 homolog
L: INSC spindle orientation adaptor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2636
ポリマ－39,2636
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.390, 90.380, 170.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Partitioning defective 3 homolog / PAR-3 / PARD-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific- ...PAR-3 / PARD-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific-binding protein / ASBP


分子量: 11929.435 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pard3, Par3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z340
#2: タンパク質・ペプチド
INSC spindle orientation adaptor protein


分子量: 1158.302 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Insc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3Z267
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate (pH 4.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→62.09 Å / Num. obs: 20641 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.87→2.94 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.117 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 20641 / CC1/2: 0.847 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JUE

6jue


解像度: 2.87→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 34.733 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.974 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2823 1113 5.1 %RANDOM
Rwork0.22528 ---
obs0.22811 20641 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 93.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.99 Å2-0 Å20 Å2
2---5.36 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.87→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 0 41 4605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.6266117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4881.57510657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9095582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.385548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.81310881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2325.5412409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.2325.5412409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.5049.8752964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.5039.8762965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3596.0312188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3576.0312189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.68410.8553154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.3853.164653
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.37853.164653
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.87→2.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 74 -
Rwork0.327 1498 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61060.2244-0.43961.18050.04771.3268-0.251-0.3958-0.252-0.2296-0.1152-0.4896-0.0126-0.03580.36610.07930.06240.06560.53630.15480.582324.1615.81337.176
28.23611.34284.32221.0361-0.48434.26060.2701-0.90630.0732-0.1738-0.4089-0.23240.2348-0.24480.13880.44520.18380.10630.30820.16590.5228.936.60340.431
30.2455-0.0311-0.69235.8002-0.11512.0626-0.141-0.042-0.0042-0.2760.11010.19580.2690.03250.03090.3891-0.03240.08960.33920.00030.35510.2530.0834.161
47.04482.75180.01478.29977.60217.9878-0.4717-0.35410.0549-0.5537-0.10360.5643-0.40540.04420.57530.5003-0.03220.04970.2350.10970.3165-1.151-6.38843.047
50.102-0.1305-0.2712.05981.14732.107-0.03280.06640.13450.1421-0.2230.50620.21720.08320.25580.17310.04160.02480.4226-0.00030.5958-4.68923.58531.964
60.05290.36210.66078.1051-5.574926.8789-0.0035-0.06860.0274-0.19-0.64-0.0005-0.0891-0.65450.64350.23270.10180.01320.3666-0.0050.4774-9.24333.55933.047
71.54331.1947-0.82011.53190.48443.0416-0.34620.13390.059-0.31960.1319-0.07260.127-0.02070.21430.2944-0.09010.12950.41420.06650.493522.33228.24416.505
83.6195-2.81824.41022.2777-3.62165.79780.1232-0.1889-0.05390.12330.04210.0927-0.33230.0233-0.16530.6493-0.15060.19870.44370.00230.17625.3734.7726.215
90.41271.3333-0.11975.2531-0.74351.41520.0405-0.17710.1449-0.0881-0.0019-0.03270.0590.0815-0.03860.0401-0.12840.10750.5567-0.22350.64423.64339.82638.948
101.0621-0.2515-2.17550.10050.64455.15510.3466-0.0350.2695-0.00440.101-0.0622-0.23980.1204-0.44760.524-0.05730.00950.4255-0.02870.377328.06546.99545.404
111.31090.09181.38152.2788-2.38225.0195-0.1379-0.16280.4208-0.4789-0.5056-0.05790.6668-0.28290.64350.3511-0.0746-0.09220.6275-0.12620.2562-5.0319.72211.52
1218.00334.774917.18041.30044.516216.4586-0.115-1.18520.6809-0.0966-0.450.23220.057-1.00830.5650.71870.0739-0.13410.6804-0.19970.1933-9.7436.4141.788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A580 - 685
2X-RAY DIFFRACTION2G526 - 532
3X-RAY DIFFRACTION3B580 - 685
4X-RAY DIFFRACTION4H527 - 532
5X-RAY DIFFRACTION5C580 - 685
6X-RAY DIFFRACTION6I528 - 532
7X-RAY DIFFRACTION7D580 - 685
8X-RAY DIFFRACTION8J526 - 532
9X-RAY DIFFRACTION9E581 - 685
10X-RAY DIFFRACTION10K526 - 532
11X-RAY DIFFRACTION11F581 - 685
12X-RAY DIFFRACTION12L529 - 532

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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