PDB-9ime: Pilin PilA from Burkholderia thailandensis with bromide ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ime

タイトル

Pilin PilA from Burkholderia thailandensis with bromide ions

要素

Pilin (Bacterial filament) subfamily

キーワード

CELL ADHESION / Pilin / Burkholderia

機能・相同性

Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / pilus / cell adhesion / BROMIDE ION / Pilin (Bacterial filament) subfamily

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Lotangchanintra, T. / Wawrzak, Z. / Wangkanont, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pilin PilA from Burkholderia thailandensis with bromide ions
著者: Lotangchanintra, T. / Wawrzak, Z. / Wangkanont, K.

履歴

登録	2024年7月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ime.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ime.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ime.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ime_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ime_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	9ime_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	9ime_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/9ime ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/9ime	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pilin (Bacterial filament) subfamily

B: Pilin (Bacterial filament) subfamily

ヘテロ分子

31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.245, 52.720, 72.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Pilin (Bacterial filament) subfamily 分子量: 14664.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア) 遺伝子: BTH_I0649 / プラスミド: pET-32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T0U4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: Br
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, 1.8 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.91163 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91163 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→29.8 Å / Num. obs: 102670 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 20.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 19.7 % / R_merge(I) obs: 1.938 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2528 / CC_1/2: 0.763 / R_pim(I) all: 0.635 / R_rim(I) all: 2.041 / Χ²: 0.93 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM	7.4.0	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定
PHENIX	1.20.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.35→29.8 Å / SU ML: 0.1548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.0006
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	5045	4.91 %
R_work	0.1548	97612	-
obs	0.1564	102657	98.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2052	0	89	377	2518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8826	3144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0781	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3817	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.3437	148	0.2821	3227	X-RAY DIFFRACTION	97.94
1.37-1.38	0.2662	192	0.2643	3187	X-RAY DIFFRACTION	97.01
1.38-1.4	0.2881	152	0.2543	3205	X-RAY DIFFRACTION	94.8
1.4-1.42	0.3389	148	0.2426	3214	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.42-1.43	0.2657	181	0.2246	3271	X-RAY DIFFRACTION	98.21
1.43-1.45	0.2613	174	0.2026	3149	X-RAY DIFFRACTION	96.1
1.45-1.47	0.2413	189	0.19	3195	X-RAY DIFFRACTION	96.55
1.48-1.5	0.2171	172	0.1829	3218	X-RAY DIFFRACTION	98.6
1.5-1.52	0.2133	152	0.1756	3251	X-RAY DIFFRACTION	97.4
1.52-1.55	0.2132	190	0.1674	3264	X-RAY DIFFRACTION	96.62
1.55-1.57	0.2419	139	0.1653	3206	X-RAY DIFFRACTION	98.82
1.57-1.6	0.1683	168	0.1568	3269	X-RAY DIFFRACTION	97.5
1.6-1.63	0.1955	146	0.1563	3221	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.63-1.66	0.183	183	0.1533	3273	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.66-1.7	0.2158	177	0.1511	3250	X-RAY DIFFRACTION	96.84
1.7-1.74	0.1937	179	0.1479	3203	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.74-1.78	0.2062	159	0.1401	3267	X-RAY DIFFRACTION	98
1.78-1.83	0.1885	186	0.1353	3225	X-RAY DIFFRACTION	98.64
1.83-1.89	0.1708	147	0.1357	3364	X-RAY DIFFRACTION	98.57
1.89-1.95	0.198	173	0.1321	3219	X-RAY DIFFRACTION	98.81
1.95-2.02	0.1592	162	0.1395	3292	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.02-2.1	0.2221	157	0.1386	3276	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.1-2.19	0.165	182	0.1404	3303	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.19-2.31	0.1631	175	0.1399	3273	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.31-2.45	0.1414	168	0.1374	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.45-2.64	0.2085	196	0.1584	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.64-2.91	0.1761	152	0.1563	3370	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.91-3.33	0.1836	180	0.1549	3260	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.33-4.19	0.1402	156	0.1329	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.19-29.8	0.191	162	0.168	3303	X-RAY DIFFRACTION	99.31

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)