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- PDB-9imb: The crystal structure of human m5C methyltransferase NSUN6 bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9imb
タイトルThe crystal structure of human m5C methyltransferase NSUN6 bound to its S-adenosyl-L-methionine analog and a NECTIN-2 3'-UTR RNA substrate
要素
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*C)-3')
  • tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / m5C methyltransferase / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA C5-cytosine methylation / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / RNA methylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / tRNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / RNA / RNA (> 10) / tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lv, M.Q. / Zhong, F.M. / Pu, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32293213,32100958,32090040 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: NSUN6 inhibitor discovery guided by its mRNA substrate bound crystal structure.
著者: Zhong, F. / Pu, T. / Hu, Q. / Li, M. / Wang, L. / Wang, S. / Ruan, K. / Shi, Y. / Sun, B. / Jiang, Y. / Lv, M.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6
D: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*C)-3')
A: tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6406
ポリマ－118,8774
非ポリマー7632
水1267
1
B: tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6
D: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8203
ポリマ－59,4392
非ポリマー3811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
2
A: tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8203
ポリマ－59,4392
非ポリマー3811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.814, 72.441, 77.150
Angle α, β, γ (deg.)62.48, 83.38, 69.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6 / m5C methyltransferase NSUN6 / NOL1/NOP2/Sun and PUA domain-containing protein 1 / NOL1/NOP2/Sun ...m5C methyltransferase NSUN6 / NOL1/NOP2/Sun and PUA domain-containing protein 1 / NOL1/NOP2/Sun domain family member 6


分子量: 51834.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSUN6, NOPD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TEA1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*UP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量: 7604.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 1% w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.003 Å / Num. obs: 24167 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2643 / CC1/2: 0.839 / % possible all: 97.74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WWQ

5wwq


解像度: 2.9→43 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 1258 5.21 %
Rwork0.2068 --
obs0.2101 24167 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6805 1007 54 7 7873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59611252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3983093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.020.33911340.27492509X-RAY DIFFRACTION98
3.02-3.150.35051420.26912544X-RAY DIFFRACTION98
3.15-3.320.29971590.25772527X-RAY DIFFRACTION98
3.32-3.530.31821290.23842548X-RAY DIFFRACTION98
3.53-3.80.29641290.21282551X-RAY DIFFRACTION98
3.8-4.180.26571180.19052565X-RAY DIFFRACTION98
4.18-4.790.21491420.16982575X-RAY DIFFRACTION99
4.79-6.030.22451400.1912557X-RAY DIFFRACTION99
6.03-430.21511650.17312533X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2331-0.03760.04432.1056-0.9012.19960.1432-0.4163-0.03550.41410.20750.59570.1768-0.4986-0.31170.2914-0.06540.06850.42140.10560.39672.0773-18.524-20.9607
22.4058-0.0140.2334.0979-0.04272.430.0336-0.1759-0.8085-0.05570.34080.14250.9868-0.3501-0.27710.509-0.1044-0.0490.34460.14110.48544.9896-39.3294-20.2989
30.9377-0.04680.3122.0932-0.81032.6622-0.0261-0.0006-0.3962-0.63180.18550.69721.1788-0.5246-0.13840.6338-0.1623-0.15150.3860.10570.64661.0486-37.4925-26.9251
42.2927-0.78760.71033.1041-0.78742.39990.06190.1103-0.1323-0.42560.0141-0.37660.37620.2678-0.0820.18380.03960.07870.1568-0.01340.249123.2417-14.1326-34.7751
52.38610.32521.26531.9948-0.46132.2548-0.0743-0.4924-0.21330.4138-0.0883-0.15880.09010.07020.11190.2360.07760.00890.25620.02190.220523.1648-12.3698-17.3653
62.44340.65560.28962.8568-0.31142.09390.0597-0.42620.43790.315-0.08870.635-0.1443-0.34780.03520.25140.11680.060.3953-0.02540.26728.9374-5.354-18.8806
74.6203-1.32564.05291.5318-0.08074.4790.73660.38460.093-0.0896-0.61760.23330.08290.8869-0.16570.84890.0049-0.19180.49120.12930.631721.1562-38.2953-10.2101
82.9682-0.6081-0.63053.71160.78494.24170.0621-0.80020.08331.64680.8089-0.83060.02591.1692-0.39530.89920.2509-0.14120.44420.08210.58511.6703-25.9599-26.7935
97.5351-4.34128.96983.1694-5.47942.06020.78440.77290.02060.8561-1.2696-0.67761.61950.92850.28110.93590.169-0.33280.60190.01090.896720.9937-39.6486-19.4969
104.5204-0.43612.73892.4385-3.05756.89930.7792-0.40980.0812-0.4214-0.42250.24020.8915-0.1833-0.06941.016-0.1296-0.30930.34970.01660.780923.7119-47.7684-2.2507
111.86240.771-0.28133.8268-0.06842.11780.0610.11430.1485-0.34060.03991.2217-0.3037-0.8897-0.14860.4670.0001-0.12610.45730.09781.080924.2949-14.823715.9474
120.9969-1.0021-0.11464.214-1.04860.4892-0.2007-0.29670.32760.78180.32790.0163-0.4605-0.2968-0.10580.44870.08340.03450.2803-0.00780.277250.7937-17.376630.4831
131.9523-0.8442-0.54825.3255-0.21551.8252-0.00190.04140.8942-0.36410.1491-0.2814-0.4184-0.0132-0.18110.41060.0257-0.01840.22380.02340.518450.81941.25916.5345
141.2542-0.74490.44553.1772-0.86891.3543-0.00280.2670.225-0.44310.0234-0.14750.0479-0.03850.01890.2813-0.01670.03510.17930.04630.227351.7349-29.406316.7557
152.39640.01291.70142.3298-0.6832.482-0.08890.5950.9861-1.633-0.416-0.73660.27030.51070.06340.7497-0.04470.21220.4320.0623-0.153255.3751-30.38463.6325
161.61650.82380.38122.4099-0.11591.732-0.04830.34790.2794-1.11810.25280.60850.1655-0.2026-0.14670.5766-0.0941-0.26040.34960.17130.40840.0695-30.12985.397
171.27920.02630.01683.73550.09921.853-0.0484-0.09220.1564-0.04080.07811.24530.1572-0.4069-0.07440.29660.0102-0.06460.35870.12360.629633.1667-29.938219.7361
183.389-2.07362.4166.4451-1.54492.048-0.619-0.24410.3822-0.1901-0.5342-0.7153-0.82270.79131.06880.7445-0.0771-0.1650.43540.11230.637.37225.7305-1.7006
191.9093-2.25791.84752.6895-2.54953.93880.17010.2744-0.5224-0.6647-0.30060.15751.6183-0.0003-0.09611.44840.1278-0.16040.44970.18470.735843.4305-11.9499-3.0692
202.85650.1616-1.82814.3486-5.71578.49990.09211.1842-0.501-1.15370.6146-0.5110.6255-1.3704-0.39120.61950.18210.01360.47470.04250.440949.2646-15.503314.8557
215.1904-2.97265.92791.6529-3.16468.12980.32720.75441.0237-1.27370.15090.29031.32280.3618-0.55910.7681-0.029-0.14880.62240.15850.555149.3782-5.2986-0.0627
222.9069-2.8652.2712.9797-2.25127.262-1.04220.15270.91420.2593-0.0974-0.1588-0.19780.49370.87840.6447-0.1235-0.32950.36140.13390.925937.89216.0271-10.2807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 112 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 113 through 168 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 169 through 209 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 210 through 317 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 318 through 390 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 391 through 469 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 10 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 11 through 15 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 16 through 20 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 21 through 24 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 2 through 45 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 46 through 112 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 113 through 201 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 202 through 268 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 269 through 301 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 302 through 372 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 373 through 469 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 5 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 6 through 10 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 11 through 15 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 16 through 20 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 21 through 24 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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