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- PDB-9im8: Mutated ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9im8
タイトルMutated ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 2
キーワードTRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase 2 / PARP2 / pyrimidine 2 / 4-diketone derivative / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oxygen-glucose deprivation / hippocampal neuron apoptotic process / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / NAD+ ADP-ribosyltransferase ...response to oxygen-glucose deprivation / hippocampal neuron apoptotic process / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / site of DNA damage / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / decidualization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / nucleosome binding / extrinsic apoptotic signaling pathway / nucleotidyltransferase activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / base-excision repair / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / double-strand break repair / damaged DNA binding / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. ...: / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Poly [ADP-ribose] polymerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, X.Y. / Tian, S.Y. / Zhou, J. / Xu, B.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82104009 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutated ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor
著者: Wang, X.Y. / Tian, S.Y. / Zhou, J. / Xu, B.L.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8895
ポリマ－79,9322
非ポリマー9573
水5,459303
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4903
ポリマ－39,9661
非ポリマー5252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3982
ポリマ－39,9661
非ポリマー4321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.340, 86.239, 95.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.255, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 2 / PARP-2 / hPARP-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 2 / ARTD2 / DNA ADP- ...PARP-2 / hPARP-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 2 / ARTD2 / DNA ADP-ribosyltransferase PARP2 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 2 / ADPRT-2 / Poly[ADP-ribose] synthase 2 / pADPRT-2 / Protein poly-ADP-ribosyltransferase PARP2


分子量: 39965.910 Da / 分子数: 2 / 変異: T349S,L351R,S353G,P354L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP2, ADPRT2, ADPRTL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UGN5, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1D9M / 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione


分子量: 432.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29FN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.5 Å / Num. obs: 38422 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 25.25
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 3884 / CC1/2: 0.951 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC8精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→28.5 Å / SU ML: 0.2596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.2922
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 1921 5 %
Rwork0.1982 36501 -
obs0.2004 38422 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5559 0 68 303 5930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00335759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75777775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01521002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.73392190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.3551340.27072593X-RAY DIFFRACTION98.31
2.15-2.210.32291530.25892654X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.280.29661270.25122623X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.350.31341730.25232590X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.430.31851340.24412683X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.530.28391520.22632612X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.650.30571470.2342641X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.780.29761360.22692636X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.960.2871180.21572696X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.190.23881210.2012667X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.26451230.19582364X-RAY DIFFRACTION89.78
3.51-4.010.18711110.16822371X-RAY DIFFRACTION88.48
4.01-5.050.15811220.15672688X-RAY DIFFRACTION99.93
5.05-28.50.21261700.17972683X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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