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- PDB-9ilt: Crystal structure of alternative complex III from Chloroflexus au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ilt
タイトルCrystal structure of alternative complex III from Chloroflexus aurantiacus
要素
  • (Quinol:cytochrome c oxidoreductase ...) x 2
  • ActG
  • Cytochrome c domain-containing protein
  • Cytochrome c7-like domain-containing protein
  • Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein
  • Polysulphide reductase NrfD
  • subunit I
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alternative complex III / Chloroflexus aurantiacus / photosynthetic electron transport chains / quinol: electron acceptor oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily / 4Fe-4S dicluster domain ...NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / HEME C / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome c7-like domain-containing protein / Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein / Polysulphide reductase NrfD / Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein / Cytochrome c domain-containing protein / Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Xu, X. / Wu, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870740, 32171227, 31570738, 32000034, 82101628 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of the alternative complex III from the phototrophic bacterium Chloroflexus aurantiacus.
著者: Wu, W. / Fang, H. / He, H. / Wu, J. / Gong, Z. / Li, C. / Pei, X. / Xu, X.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c7-like domain-containing protein
B: Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein
C: Polysulphide reductase NrfD
D: Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein
E: Cytochrome c domain-containing protein
F: Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2
G: ActG
I: subunit I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,84318
ポリマ－298,7818
非ポリマー5,06210
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45190 Å2
ΔGint-448 kcal/mol
Surface area85790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.016, 153.063, 173.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCEG

#1: タンパク質 Cytochrome c7-like domain-containing protein


分子量: 25247.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
参照: UniProt: A9WEV2
#2: タンパク質 Fe-S-cluster-containing hydrogenase components 1-like protein


分子量: 113115.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
参照: UniProt: A9WEV3
#3: タンパク質 Polysulphide reductase NrfD


分子量: 55223.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
参照: UniProt: A9WEV4
#5: タンパク質 Cytochrome c domain-containing protein


分子量: 23017.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
参照: UniProt: A9WEV6
#7: タンパク質 ActG


分子量: 12485.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
参照: UniProt: A9WEV8

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Quinol:cytochrome c oxidoreductase ... , 2種, 2分子 DF

#4: タンパク質 Quinol:cytochrome c oxidoreductase membrane protein


分子量: 19648.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
参照: UniProt: A9WEV5
#6: タンパク質 Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2


分子量: 45721.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
参照: UniProt: A9WEV7

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 I

#8: タンパク質・ペプチド subunit I


分子量: 4322.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

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非ポリマー , 3種, 10分子

#9: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#10: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#11: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM glycine at pH 9.0 and 26% (w/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→40.3 Å / Num. obs: 57488 / % possible obs: 89.82 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.44
反射 シェル解像度: 3.25→3.366 Å / Num. unique obs: 5927 / CC1/2: 0.748

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8K9F

8k9f


解像度: 3.25→40.3 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 2651 4.91 %
Rwork0.249 --
obs0.2507 54042 89.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→40.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19379 0 289 0 19668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92127777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8942749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.310.42151490.36882990X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.370.41541260.34982964X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.430.36931280.3412304X-RAY DIFFRACTION89
3.48-3.520.3608730.33871278X-RAY DIFFRACTION82
3.52-3.60.3551600.32422963X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.660.33171030.32241950X-RAY DIFFRACTION90
3.7-3.790.33941020.31082190X-RAY DIFFRACTION88
3.79-3.890.31151250.28822628X-RAY DIFFRACTION94
3.94-4.020.3468930.29991835X-RAY DIFFRACTION92
4.02-4.170.32341690.26772978X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.340.29431550.25462977X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.530.28751710.23152984X-RAY DIFFRACTION100
4.53-4.770.26021630.22562993X-RAY DIFFRACTION100
4.77-5.070.26341610.21963006X-RAY DIFFRACTION100
5.07-5.460.26721680.21983018X-RAY DIFFRACTION100
5.46-6.010.27651540.23523030X-RAY DIFFRACTION100
6.01-6.870.26271460.23173050X-RAY DIFFRACTION100
6.87-8.650.23371610.21223088X-RAY DIFFRACTION100
8-100.23821440.21593165X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.1225 Å / Origin y: -35.2494 Å / Origin z: 41.8978 Å
111213212223313233
T0.2531 Å20.1076 Å2-0.007 Å2-0.3972 Å2-0.0459 Å2--0.3868 Å2
L0.2004 °2-0.193 °2-0.1273 °2-0.4421 °20.1227 °2--0.6057 °2
S-0.0195 Å °-0.0156 Å °0.0298 Å °-0.0563 Å °-0.0494 Å °0.0157 Å °-0.0762 Å °-0.1986 Å °-0.0007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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