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万見
- PDB-9ill: monomeric SarA-E89Q in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ill
タイトルmonomeric SarA-E89Q in complex with DNA
要素
  • DNA
  • Transcriptional regulator SarA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / winged-helix protein / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator SarA/Rot / : / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator SarA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Xia, B. / Fu, D.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: Biomol.NMR Assign / 年: 2023
タイトル: solution Structure of the monomeric SarA in complex with DNA
著者: Xia, B. / Fu, D.H.
履歴
登録2024年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator SarA
B: DNA
C: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8273
ポリマ－24,8273
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator SarA / Staphylococcal accessory regulator A


分子量: 13795.796 Da / 分子数: 1 / 変異: E89Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncation of residue 20-124
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sarA, SA0573 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A732
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 5515.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic12D 1H-1H NOESY XF
141isotropic23D HN(CO)CA
151isotropic23D CBCA(CO)NH
161isotropic23D HNCA
191isotropic23D CCHCOSY
181isotropic23D CCHTOCSY
171isotropic23D HBHA(CO)NH
1121isotropic23D (H)CCH-COSY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1141isotropic13D XFCNOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 10 mM sodium phosphate, 10 mM NaCl, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.01 % DSS, 0.01 % sodium azide, 5 % EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N,13C_SarAmo in complex with unlabled DNA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 mMNaClnatural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
10 %D2O[U-99% 2H]1
0.01 %DSSnatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
5 %EDTA-free Protease Inhibitor Cocktailnatural abundance1
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TALOS-NYang Shen, Ad Baxデータ解析
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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