PDB-9ile: Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in Complex with Relebactam

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ile

タイトル

Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in Complex with Relebactam

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / DBOs / Complex / Carbapenemase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in Complex with Relebactam
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ile.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ile.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ile.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ile_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ile_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9ile_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	9ile_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/9ile ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/9ile	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.852, 50.44, 60.62
Angle α, β, γ (deg.)	90, 99.866, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME-1 分子量: 30403.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class A Carbapenemase / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 51分子

#2: 化合物	ChemComp-MK7 / (2S,5R)-1-formyl-N-(piperidin-4-yl)-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / MK-7655, bound form 分子量: 350.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂N₄O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG4000, 0.2M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→25.22 Å / Num. obs: 10649 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 915 / CC_1/2: 0.846

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→24.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 19.972 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.322

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2555	421	4.999 %
R_work	0.1652	8001	-
all	0.17	-	-
obs	-	8422	99.799 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.793 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.449 Å²	0 Å²	1.046 Å²
2-	-	-2.388 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.486 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→24.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2062	0	55	45	2162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.709	1.818	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.714	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.48	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.829	10	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.238	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.171	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.366	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.84	1.704	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.771	3.059	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.846	1.9	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.179	3.382	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.287	22.888	3404

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.38-2.441	0.349	35	0.161	575	0.171	610	0.911	0.981	100	0.146
2.441-2.508	0.349	25	0.166	577	0.173	603	0.928	0.981	99.8342	0.15
2.508-2.58	0.275	36	0.178	528	0.185	564	0.955	0.978	100	0.158
2.58-2.658	0.272	23	0.162	564	0.167	587	0.966	0.982	100	0.144
2.658-2.744	0.283	23	0.149	510	0.155	533	0.945	0.985	100	0.13
2.744-2.839	0.334	33	0.167	500	0.176	533	0.926	0.981	100	0.148
2.839-2.945	0.349	34	0.169	480	0.181	514	0.929	0.98	100	0.151
2.945-3.063	0.232	26	0.186	466	0.188	492	0.964	0.976	100	0.169
3.063-3.197	0.283	20	0.177	460	0.181	480	0.941	0.977	100	0.158
3.197-3.351	0.338	19	0.163	431	0.169	450	0.919	0.982	100	0.15
3.351-3.528	0.228	20	0.161	416	0.164	437	0.967	0.984	99.7712	0.146
3.528-3.738	0.197	29	0.16	384	0.163	413	0.975	0.983	100	0.15
3.738-3.989	0.245	26	0.145	356	0.152	384	0.963	0.987	99.4792	0.137
3.989-4.299	0.189	17	0.17	359	0.171	376	0.972	0.982	100	0.156
4.299-4.696	0.185	9	0.165	319	0.166	330	0.981	0.983	99.3939	0.162
4.696-5.226	0.21	13	0.154	285	0.157	298	0.967	0.984	100	0.15
5.226-5.991	0.22	17	0.177	260	0.18	277	0.976	0.978	100	0.171
5.991-7.232	0.359	6	0.182	230	0.185	236	0.965	0.98	100	0.169
7.232-9.816	0.138	5	0.139	182	0.139	187	0.984	0.988	100	0.139
9.816-24.74	0.269	5	0.21	118	0.212	125	0.919	0.972	98.4	0.205

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.3795 Å / Origin y: -0.3547 Å / Origin z: 14.7711 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.015 Å²	0.0101 Å²	0.0081 Å²	-	0.0196 Å²	0.0109 Å²	-	-	0.0068 Å²
L	1.6479 °²	0.4047 °²	0.227 °²	-	1.8508 °²	0.6065 °²	-	-	1.2151 °²
S	-0.0025 Å °	-0.0076 Å °	-0.0122 Å °	-0.1006 Å °	0.0088 Å °	-0.0182 Å °	-0.0704 Å °	0.036 Å °	-0.0063 Å °

精密化 TLSグループ

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