PDB-9il9: Crystal Structure of SME-1 carbapenemase in complex with Avibactam.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9il9

タイトル

Crystal Structure of SME-1 carbapenemase in complex with Avibactam.

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Carbapenemase / Complex / NXL

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 carbapenemase in complex with Avibactam.
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9il9.cif.gz	276.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9il9.ent.gz	181.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9il9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9il9_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9il9_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9il9_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	9il9_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/9il9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/9il9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.582, 51.871, 77.429
Angle α, β, γ (deg.)	90, 114.112, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME-1 分子量: 30403.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 191分子

#2: 化合物	ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form 分子量: 267.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, Lithium Chloride 0.2M

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→24.11 Å / Num. obs: 23927 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
2.28-24.11	6.7	0.037	2336	0.999	0.021	0.043
2.28-2.36	5.6	0.432	418	0.869	0.292	0.524

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Coot		モデル構築
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→23.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 17.02 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.246

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	1154	4.825 %
R_work	0.1548	22761	-
all	0.159	-	-
obs	-	23915	99.858 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.815 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.076 Å²	0 Å²	-0.595 Å²
2-	-	0.505 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.462 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→23.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4120	0	65	183	4368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.737	1.824	5781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.871	5	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.527	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.262	10	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.15	10	191
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.172	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.295	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.684	1.486	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.304	2.672	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.671	1.702	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.885	3.011	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.521	17.071	6608
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.361	3	4290

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.28-2.339	0.282	100	0.164	1645	0.171	1746	0.949	0.984	99.9427	0.147
2.339-2.402	0.279	87	0.179	1611	0.185	1699	0.947	0.981	99.9411	0.163
2.402-2.471	0.277	78	0.157	1591	0.162	1669	0.954	0.986	100	0.137
2.471-2.546	0.275	78	0.184	1491	0.188	1569	0.943	0.981	100	0.161
2.546-2.628	0.259	66	0.172	1477	0.175	1543	0.95	0.983	100	0.148
2.628-2.719	0.271	68	0.154	1455	0.16	1523	0.963	0.986	100	0.131
2.719-2.821	0.292	67	0.168	1380	0.174	1447	0.947	0.984	100	0.145
2.821-2.934	0.272	64	0.18	1348	0.184	1412	0.939	0.98	100	0.154
2.934-3.062	0.275	65	0.168	1279	0.173	1344	0.949	0.982	100	0.148
3.062-3.209	0.257	62	0.151	1237	0.156	1299	0.96	0.987	100	0.132
3.209-3.379	0.229	75	0.155	1163	0.159	1238	0.968	0.989	100	0.142
3.379-3.579	0.231	70	0.153	1088	0.158	1158	0.968	0.991	100	0.144
3.579-3.82	0.2	75	0.15	1013	0.153	1088	0.976	0.991	100	0.14
3.82-4.116	0.2	32	0.133	996	0.135	1028	0.98	0.991	100	0.117
4.116-4.495	0.175	27	0.114	936	0.115	964	0.987	0.993	99.8963	0.101
4.495-5.002	0.239	33	0.123	825	0.127	860	0.974	0.993	99.7674	0.109
5.002-5.732	0.208	31	0.134	748	0.137	779	0.979	0.992	100	0.12
5.732-6.915	0.239	21	0.179	646	0.181	667	0.968	0.987	100	0.164
6.915-9.371	0.154	29	0.163	505	0.163	534	0.991	0.992	100	0.152
9.371-23.18	0.25	26	0.172	325	0.177	352	0.976	0.988	99.7159	0.158

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 191分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 191分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 191分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)