PDB-9il8: Crystal Structure of SME-1 Class A Carbapenemase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9il8

タイトル

Crystal Structure of SME-1 Class A Carbapenemase in complex with Durlobactam

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Acyl Enzyme Complex / Carbapenemase / DBO

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 Class A Carbapenemase in complex with Durlobactam
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9il8.cif.gz	269.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9il8.ent.gz	174.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9il8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9il8_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9il8_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9il8_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	9il8_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/9il8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/9il8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.355, 50.746, 129.9
Angle α, β, γ (deg.)	90, 92.705, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 3 - 269

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME-1 分子量: 30403.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-JXG / (2S,5R)-1-formyl-3-methyl-5-[(sulfooxy)amino]-1,2,5,6-tetrahydropyridine-2-carboxamide / ETX2514 bound form 分子量: 279.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→25.95 Å / Num. obs: 20681 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.994 / R_rim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 15588 / CC_1/2: 0.938

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→25.386 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 20.972 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.293

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	1028	4.974 %
R_work	0.1926	19638	-
all	0.196	-	-
obs	-	20666	99.802 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.082 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.603 Å²	-0 Å²	-0.517 Å²
2-	-	-1.689 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.862 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4120	0	51	115	4286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.397	1.821	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.038	5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.235	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.598	10	746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.25	10	186
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.344	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.731	1.248	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.886	2.243	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.974	1.389	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.351	2.483	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	29.462	15.127	6628
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.476	3	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.099	0.05	8808

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09858	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09858	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.359	0.328	71	0.244	1442	0.248	1513	0.915	0.96	100	0.224
2.359-2.423	0.309	79	0.229	1366	0.233	1445	0.936	0.967	100	0.211
2.423-2.493	0.295	67	0.192	1374	0.197	1441	0.928	0.977	100	0.173
2.493-2.569	0.269	83	0.187	1311	0.193	1394	0.953	0.978	100	0.168
2.569-2.652	0.311	67	0.2	1255	0.205	1322	0.941	0.975	100	0.178
2.652-2.744	0.313	59	0.21	1269	0.215	1328	0.937	0.973	100	0.188
2.744-2.847	0.307	79	0.187	1169	0.194	1248	0.952	0.978	100	0.167
2.847-2.961	0.295	53	0.196	1189	0.2	1242	0.948	0.976	100	0.173
2.961-3.091	0.227	46	0.163	1105	0.166	1151	0.968	0.984	100	0.147
3.091-3.239	0.252	40	0.174	1095	0.177	1135	0.951	0.981	100	0.157
3.239-3.412	0.219	71	0.19	965	0.193	1037	0.974	0.979	99.9036	0.173
3.412-3.614	0.277	41	0.182	974	0.186	1017	0.951	0.982	99.8033	0.171
3.614-3.858	0.238	41	0.208	911	0.21	952	0.972	0.973	100	0.199
3.858-4.16	0.308	43	0.178	840	0.184	888	0.953	0.982	99.4369	0.171
4.16-4.544	0.242	46	0.189	777	0.192	824	0.962	0.974	99.8786	0.181
4.544-5.061	0.215	50	0.162	707	0.166	759	0.971	0.986	99.7365	0.157
5.061-5.805	0.24	27	0.171	634	0.174	661	0.979	0.983	100	0.161
5.805-7.019	0.256	29	0.2	548	0.203	577	0.977	0.978	100	0.19
7.019-9.567	0.271	19	0.174	434	0.178	454	0.971	0.983	99.7797	0.173
9.567-25.386	0.204	17	0.219	273	0.218	298	0.982	0.978	97.3154	0.221

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