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- PDB-9il7: Crystal Structure of SME E166A in Complex with Ceftaroline Fosamil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9il7
タイトルCrystal Structure of SME E166A in Complex with Ceftaroline Fosamil
要素beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / 5th Generation Cephalosporin / Carbapenemase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase SME-1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dhankhar, K. / Hazra, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Board of Research in Nuclear Sciences (BRNS)54/14/03/2023-BRNS インド
Indian Council of Medical ResearchEM/Dev/IG/20/0773/2023 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME E166A in Complex with Ceftaroline Fosamil
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.
履歴
登録2024年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase
B: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,08934
ポリマ－60,6912
非ポリマー3,39832
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.621, 51.076, 129.792
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.123, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 beta-lactamase / SME E166A


分子量: 30345.266 Da / 分子数: 2 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase

-
非ポリマー , 8種, 174分子

#2: 化合物 ChemComp-A1L2O / (2~{R})-2-[(1~{R})-1-[[(2~{Z})-2-ethoxyimino-2-[5-(phosphonoamino)-1,2,4-thiadiazol-3-yl]ethanoyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-5-[[4-(1-methylpyridin-4-yl)-1,3-thiazol-2-yl]sulfanyl]-3,6-dihydro-2~{H}-1,3-thiazine-4-carboxylic acid


分子量: 687.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N8O8PS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, Lithium Chloride 0.2M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→23.76 Å / Num. obs: 18330 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 1867 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.167

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→21.741 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.182 / SU B: 0.004 / SU ML: 0 / Average fsc free: 0.9568 / Average fsc work: 0.9771 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 922 5.064 %0.2566
Rwork0.1904 17284 --
all0.194 ---
obs-18206 98.448 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.019 Å2-0 Å20.204 Å2
2---0.425 Å2-0 Å2
3---1.444 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→21.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4092 0 184 142 4418
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.4-2.4620.352720.2412000.24512990.9270.96397.92150.229
2.462-2.5280.333560.23612600.2413320.930.96398.79880.224
2.528-2.60.321820.2311750.23612650.9390.96599.36760.22
2.6-2.6790.283670.22211540.22512300.9590.97199.26830.212
2.679-2.7660.275620.20911390.21212080.9510.97499.42050.199
2.766-2.8610.285630.20310880.20711530.9570.97699.82650.194
2.861-2.9670.264560.19410990.19711600.9560.97799.5690.184
2.967-3.0860.269530.1869840.19110390.9610.97899.80750.176
3.086-3.220.237370.17910170.18210550.9710.98199.90520.171
3.22-3.3740.249400.1619430.1649920.9560.98599.09270.154
3.374-3.5510.236390.1688920.1719480.9590.98598.20670.163
3.551-3.7610.253430.1848460.1888920.9790.98299.66370.178
3.761-4.0120.216410.1748190.1758750.9640.98498.28570.171
4.012-4.3210.261350.1697150.1737790.9620.98696.27730.167
4.321-4.7150.208420.1656600.1677370.9750.98595.2510.166
4.715-5.240.212380.1536190.1576810.9720.98896.47580.156
5.24-5.9930.241330.1935650.1966080.9760.98498.35530.195
5.993-7.2050.239270.2014830.2035160.9710.98398.83720.199
7.205-9.6720.281210.173730.1754110.9730.98995.86370.176
9.672-21.7410.164150.2162500.2132820.990.98493.97160.234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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