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- PDB-9ikq: Crystal structure of OPTN LZD in complex with GTP-bound Rab8a(Q67L) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ikq
タイトルCrystal structure of OPTN LZD in complex with GTP-bound Rab8a(Q67L)
要素
  • Optineurin
  • Ras-related protein Rab-8A
キーワードPROTEIN BINDING / Rab8a / Optineurin
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / type 2 mitophagy / cell death / regulation of protein transport / negative regulation of receptor recycling / Golgi ribbon formation / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / positive regulation of xenophagy / VxPx cargo-targeting to cilium ...neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / type 2 mitophagy / cell death / regulation of protein transport / negative regulation of receptor recycling / Golgi ribbon formation / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / positive regulation of xenophagy / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / protein localization to Golgi apparatus / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / Golgi to plasma membrane protein transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to cilium / endocytic recycling / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / TBC/RABGAPs / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / ciliary membrane / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ciliary base / Golgi organization / exocytosis / cilium assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / cellular response to unfolded protein / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / phagocytic vesicle / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of autophagy / centriole / axonogenesis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / autophagosome / protein tyrosine kinase binding / Regulation of TNFR1 signaling / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / small GTPase binding / autophagy / centriolar satellite / cellular response to insulin stimulus / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / GDP binding / actin cytoskeleton / midbody / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / endosome membrane / lysosome / endosome / regulation of autophagy / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / GTPase activity / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor ...NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-8A / Optineurin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Zhang, J. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis of the Recognition of the Active Rab8a by Optineurin.
著者: Zhang, J. / Liu, L. / Li, M. / Liu, H. / Gong, X. / Tang, Y. / Zhang, Y. / Zhou, X. / Lin, Z. / Guo, H. / Pan, L.
履歴
登録2024年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
C: Optineurin
D: Optineurin
B: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,02318
ポリマ－50,1884
非ポリマー1,83614
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.218, 69.432, 110.337
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel


分子量: 20766.906 Da / 分子数: 2 / 変異: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61006, small monomeric GTPase
#2: タンパク質・ペプチド Optineurin / E3-14.7K-interacting protein / FIP-2 / Huntingtin yeast partner L / Huntingtin-interacting protein ...E3-14.7K-interacting protein / FIP-2 / Huntingtin yeast partner L / Huntingtin-interacting protein 7 / HIP-7 / Huntingtin-interacting protein L / NEMO-related protein / Optic neuropathy-inducing protein / Transcription factor IIIA-interacting protein / TFIIIA-IntP


分子量: 4326.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OPTN, FIP2, GLC1E, HIP7, HYPL, NRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96CV9

-
非ポリマー , 5種, 421分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 16% (w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→57.4 Å / Num. obs: 39526 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 31.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.899 / Num. unique obs: 1833

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LHW

4lhw


解像度: 1.93→43.19 Å / SU ML: 0.2387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.653
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 1816 4.86 %
Rwork0.1743 35583 -
obs0.1763 37399 94.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→43.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 114 407 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00873658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0524915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2635505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.30121560.26992556X-RAY DIFFRACTION91.31
1.98-2.040.2681190.23832835X-RAY DIFFRACTION97.91
2.04-2.110.24951190.21232796X-RAY DIFFRACTION97.33
2.11-2.180.23221440.19712711X-RAY DIFFRACTION95.74
2.18-2.270.24461400.19442785X-RAY DIFFRACTION97.21
2.27-2.370.23591610.17972767X-RAY DIFFRACTION96.83
2.37-2.50.23221730.17792721X-RAY DIFFRACTION95.92
2.5-2.650.26781310.18332712X-RAY DIFFRACTION94.39
2.65-2.860.21461190.182786X-RAY DIFFRACTION95.37
2.86-3.140.23731140.17422771X-RAY DIFFRACTION94.65
3.15-3.60.21431650.16472693X-RAY DIFFRACTION92.67
3.6-4.530.16781200.13932742X-RAY DIFFRACTION92.26
4.54-43.190.19251550.15982708X-RAY DIFFRACTION88.2
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.482555876420.2924942691350.6455363872612.5932154670.6274101692772.85852895880.01085252025730.1140552352080.350061624878-0.0888664111171-0.04056497232780.0597588507653-0.414966555745-0.00252223392190.04213312625790.2093506268350.001663846818790.01549606679250.1437572714330.01662907084130.141577015324-18.438366200822.1184682702-28.7445751027
24.564558651540.7737519978380.341907514073.942883731430.2288910516173.555985328310.230673296883-0.2643174339250.3170867340680.263373404367-0.0258164595355-0.833859218159-0.605964156762-0.1038895622110.06210646826630.2763622208510.0002599863577920.01779794370330.1351996046750.01406606598870.281185817698-12.227464238327.7857824668-27.1311158295
36.202059992731.837745164032.443013113025.326458884472.246241673126.53128862908-0.0724621895291-0.175424141910.2836596366780.004241699199480.0849091960417-0.552163480964-0.7160089043460.262443024218-0.01590024376150.237598713005-0.0331041323580.004152724074720.2140579366550.006007598396710.18683986793-8.497556754126.7880511759-24.9495666476
43.318728308970.165451591292-1.533979183262.739731681250.0118501612283.56884363390.0197951971848-0.05811889294060.0225048479227-0.103293255169-0.0790847470463-0.227485494515-0.01801626442490.1722889883030.06500538275750.1497867093670.0219510242629-0.01763809720320.133687724370.0200919526080.137256554818-13.978868199510.9770816494-29.3870629694
51.7850128116-0.240781542464-1.807630385684.07154676342-0.1357208723743.89712548508-0.0550122531698-0.191439865628-0.5142366742090.186060322639-0.06604763399160.07664420359240.2125762291550.1366513815880.1249233548390.2068551718520.03101015041760.008052896830160.180812935585-0.003882266565360.171319104346-15.19486087253.67478858394-23.4752354533
60.768048388321-1.19328354892-0.8092876034752.82234443746-0.01393096203473.39863241676-0.0522682063348-0.239716762311-0.005584319516280.220227088989-0.01611223163350.105541774214-0.120488799708-0.1580061037330.05632859048620.200903608282-0.005078046944250.004687521251510.1756448555340.006868079685870.140631634812-22.564193930612.4450355102-18.9084017189
72.20231064005-0.2622278287680.645331598493.05917328798-1.974530124544.30070379551-0.112285494318-0.523462175389-0.0977689313290.5666811238940.04727196198310.0849015706894-0.247902188369-0.08531149794620.04351987692710.2586860746470.01654057072040.01772311109150.28106793342-0.01871099666320.146229724152-20.50302164956.38440999481-10.8067876045
82.54266601748-0.3303195128490.314725820142.75982700277-0.1844394366861.46234327739-0.017669112773-0.2797562612610.2028089672470.371613225668-0.0139303943221-0.245478079674-0.245351840070.1960214882570.02902615306630.311604490407-0.0457415814496-0.01402566895810.251243582467-0.03637156188880.183451675313-12.961109405821.3593181-15.7523302884
93.497703965661.18759243686-0.3848897511789.51129039444-2.98783906777.648265266190.6143805978280.795047944305-2.94501402771-0.391036018522-0.2305264475190.9639692355520.783302554258-1.17558906207-0.4999945149770.4603342368850.0897394366570.01679388553670.8327754584830.03505219611081.24812709228-33.739678969335.8227062108-38.0332056556
108.78476869788-3.47302514356-1.224591260136.62630268381-0.4179476770263.424541661460.272987669743-0.2756778791140.45999857750.14070257652-0.0531779544505-0.0100941975722-0.3077873736440.0670292162834-0.1429722672150.265387298862-0.04630835805890.03807195540850.1834832883890.04125254109190.156738472434-8.8275790756529.9502907775-38.8919925067
116.09415614969-2.584123690770.2058666885476.22931996217-1.112641038734.726975230990.2085419091940.3179988589270.263090542263-0.12331117933-0.0880766910310.237976265498-0.305677978102-0.298793847572-0.0799783704210.18777218364-0.01658352574650.0886569366080.2238985166470.04383343607160.182320046846-13.278675720927.1026312649-44.0283428596
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 65 through 92 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 93 through 109 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 110 through 132 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 133 through 143 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 144 through 177 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 134 through 139 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 140 through 170 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 136 through 170 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 3 through 42 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 43 through 64 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 65 through 92 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 93 through 121 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 122 through 143 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 144 through 179 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る