[日本語] English
万見
- PDB-9ikc: Orf virus scaffolding protein Orfv075 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ikc
タイトルOrf virus scaffolding protein Orfv075
要素62 kDa protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Scaffold protein / Capsid protein / Poxvirus
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / membrane / 62 kDa protein
機能・相同性情報
生物種Orf virus (オルフウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hyun, J. / Kim, S. / Ko, S. / Kim, M. / Jang, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C1005885 韓国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of orf virus scaffolding protein orfv075.
著者: Seungmi Kim / Sumin Ko / Minjae Kim / Yeontae Jang / Jaekyung Hyun /
要旨: Capsid-like poxvirus scaffold proteins self-assemble into semi-regular lattice that govern the formation of spherical immature virus particles. The scaffolding is a critical step in virus ...Capsid-like poxvirus scaffold proteins self-assemble into semi-regular lattice that govern the formation of spherical immature virus particles. The scaffolding is a critical step in virus morphogenesis as exemplified by the drug rifampicin that impairs the recruitment of scaffold onto the viral membrane in vaccinia virus (VACV). Here we report cryo-electron microscopy structure of scaffolding protein Orfv075 of orf virus (ORFV) that causes smallpox-like diseases in sheep, goats and occasionally humans via zoonotic infection. We demonstrate that the regions that are involved in intertrimeric interactions for scaffold assembly are largely conserved in comparison to its VACV orthologue protein D13 whose intermediate assembly structures have been previously characterized. By contrast, less conserved regions are located away from these interfaces, indicating both viruses share similar assembly mechanisms. We also show that the phenylalanine-rich binding site of rifampicin in D13 is conserved in Orfv075, and molecular docking simulation confirms similar binding modes. Our study provides structural basis of scaffolding protein as a target for anti-poxvirus treatment across wide range of poxvirus genera.
履歴
登録2024年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 62 kDa protein
B: 62 kDa protein
C: 62 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,9573
ポリマ－190,9573
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 62 kDa protein / Rifampicin resistance protein


分子量: 63652.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orf virus (strain NZ2) (ウイルス)
遺伝子: 01orf_00068 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TW25
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Orfv075 trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.19 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Orf virus (strain NZ2) (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pPROEX-Hta
ウイルスについての詳細単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HClC4H11NO31
2500 mMSodium chlorideNaCl1
350 mML-arginineC6H14N4O2C6H14N4O21
450 mML-glutamic acidC5H9NO41
52 mMBeta-mercapthoethanolC2H6OS1
試料濃度: 0.13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 76923 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10975
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択CryoSPARC blob picker was ued for initial particle picking followed by template-based picking from 2D class averages as a template.
2EPU3.6画像取得Automated data collection was performed using EPU software with AFIS scheme.
4cryoSPARC4.4.1CTF補正CryoSPARC Patch CTF was used for CTF estimation.
7Coot0.9.8.92モデルフィッティング
9cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当CryoSPARC ab-initio reconstruction and heterogenous refinement were used to assign initial 3D orientation.
10cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当CryoSPARC homogeneous refinement was used for final 3D orientation assignment.
12cryoSPARC4.4.1３次元再構成CryoSPARC homogeneous refinement was used for final 3D reconstruction.
13PHENIX1.21モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2051025
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 714562 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Structure of orthologue protein D13 (PDB 7VFD) was fitted into the density map of orfv075 using UCSF Chimera. The fitted structure was modified in Coot based on sequence alignment between D13 ...詳細: Structure of orthologue protein D13 (PDB 7VFD) was fitted into the density map of orfv075 using UCSF Chimera. The fitted structure was modified in Coot based on sequence alignment between D13 and Orfv075. The resulting Orfv075 model was refined using PHENIX.
原子モデル構築PDB-ID: 7VFD

7vfd


PDB chain-ID: A / Accession code: 7VFD / Chain residue range: 1-547 / Pdb chain residue range: 1-547 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212669
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46317229
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4561733
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452001
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042223

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る