PDB-9iim: Structure of the complex of erythrose-4-phosphate dehydrogenase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iim

タイトル

Structure of the complex of erythrose-4-phosphate dehydrogenase from Acinetobacter baumannii with nicotinamide adenine dinucleotide at 2.74 A resolution.

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Jeyakanthan, J. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the complex of erythrose-4-phosphate dehydrogenase from Acinetobacter baumannii with nicotinamide adenine dinucleotide at 2.74 A resolution.
著者: Viswanathan, V. / Kumari, A. / Singh, A. / Kumar, A. / Sharma, P. / Chopra, S. / Jeyakanthan, J. / Sharma, S. / Raje, C.I. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年6月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iim.cif.gz	294.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iim.ent.gz	232 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iim_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iim_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9iim_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	9iim_validation.cif.gz	74.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.262, 167.618, 151.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 38062.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_ ...遺伝子: epd, gap, A7M90_08740, Aba7835_13565, ABCAM1_1226, ABR2091_1144, APD17_19525, AYR68_05750, B7L45_13105, B9W25_17760, C2U32_02225, CAS83_00220, CBL15_12235, CTZ19_12640, D8O08_008145, DLI71_18430, EA706_09520, EA720_004470, EGM95_14355, F4T85_07645, FDN00_13975, FE003_13215, FJU42_18405, FJV09_11310, GSE42_06795, HBK86_03865, IAG11_16195, SAMEA4394745_03679 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A059ZTK9, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M AMSO4.6H2O, 0.1M HEPES sodium (pH 7.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→45.96 Å / Num. obs: 49521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.42 / R_pim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.74→2.83 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.98 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4512 / CC_1/2: 0.61 / R_pim(I) all: 0.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.74→45.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 12.694 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.983 / ESU R Free: 0.308 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	1536	3.104 %
R_work	0.1642	47953	-
all	0.166	-	-
obs	-	49489	99.927 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.591 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.013 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→45.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10716	0	196	445	11357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	11164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.384	1.796	15214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.487	1.761	24262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.728	5	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.683	5	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.213	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.691	10	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.458	10	506
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	9865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	5828
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.093	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.302	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.873	3.921	5462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.865	3.921	5462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.617	7.037	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.619	7.038	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.96	4.494	5702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.959	4.492	5699
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.482	8.008	8390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.481	8.004	8385
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.691	36.6	11875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.678	36.545	11834

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.74-2.811	0.34	112	0.287	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.811-2.888	0.309	102	0.259	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.888-2.971	0.26	110	0.24	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.971-3.062	0.272	105	0.212	3215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.062-3.162	0.35	90	0.206	3143	X-RAY DIFFRACTION	99.9073
3.162-3.272	0.267	89	0.179	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
3.272-3.395	0.215	79	0.182	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.395-3.533	0.234	86	0.175	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.9312
3.533-3.689	0.206	104	0.186	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.689-3.868	0.215	92	0.154	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.868-4.076	0.234	82	0.144	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
4.076-4.321	0.171	78	0.111	2344	X-RAY DIFFRACTION	100
4.321-4.616	0.207	64	0.108	2215	X-RAY DIFFRACTION	100
4.616-4.982	0.159	75	0.112	2031	X-RAY DIFFRACTION	100
4.982-5.451	0.191	63	0.129	1914	X-RAY DIFFRACTION	99.9494
5.451-6.084	0.265	57	0.162	1739	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
6.084-7.005	0.235	57	0.154	1543	X-RAY DIFFRACTION	99.8752
7.005-8.53	0.269	39	0.147	1323	X-RAY DIFFRACTION	99.9266
8.53-11.86	0.147	30	0.109	1050	X-RAY DIFFRACTION	99.9075
11.86-45.96	0.237	22	0.218	641	X-RAY DIFFRACTION	98.5141

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関連情報:EMDBヘッダ

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