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- PDB-9ii2: Cryo-EM Structure of the 2:2 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ii2
タイトルCryo-EM Structure of the 2:2 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1
要素
  • Beta-arrestin-1
  • Metabotropic glutamate receptor 3
  • scFv30
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


group II metabotropic glutamate receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) ...group II metabotropic glutamate receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of adenylate cyclase activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / astrocyte projection / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cellular response to stress / stress fiber assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / pseudopodium / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of receptor internalization / negative regulation of Notch signaling pathway / enzyme inhibitor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / insulin-like growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / negative regulation of protein ubiquitination / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / calcium channel regulator activity / G protein-coupled receptor binding / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / G protein-coupled receptor activity / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein phosphorylation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein transport / Clathrin-mediated endocytosis / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / cytoplasmic vesicle / scaffold protein binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / gene expression / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / dendritic spine / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynaptic membrane / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / protein ubiquitination / nuclear body / Golgi membrane / axon / lysosomal membrane / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / glutamatergic synapse / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / Arrestin-like, C-terminal / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / GLUTAMIC ACID / Beta-arrestin-1 / Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wen, T.L. / Du, M. / Yang, X. / Shen, Y.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of β-arrestin coupling to the metabotropic glutamate receptor mGlu3.
著者: Tianlei Wen / Mei Du / Yue Lu / Nan Jia / Xuhang Lu / Ning Liu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Yuequan Shen / Xue Yang /
要旨: β-Arrestins (βarrs) mediate the desensitization and internalization of activated G-protein-coupled receptors (GPCRs). The molecular mechanism by which dimeric family C GPCR members recruit ...β-Arrestins (βarrs) mediate the desensitization and internalization of activated G-protein-coupled receptors (GPCRs). The molecular mechanism by which dimeric family C GPCR members recruit arrestins remains elusive. Here we report two structures of metabotropic glutamate receptor subtype 3 (mGlu3) coupled to βarr1, with stoichiometries of 2:1 and 2:2. The L-glutamate-bound mGlu3 dimer adopts an inactive state, with both Venus flytrap domains closed, engaging βarr1 either asymmetrically or symmetrically. The transmembrane domain of the mGlu3 protomer interacts with βarr1 through a binding pocket formed by three intracellular loops and an ordered C-terminal region. Three phosphorylation sites (pS857, pS859 and pT860) on the C-terminal tail of mGlu3 engage the N domain of βarr1. βarr1 stabilizes mGlu3 in an inactive conformation, characterized by a TM3/TM4-TM3/TM4 dimeric interface, previously observed in the negative allosteric modulator-bound structure of mGlu3. Our findings provide important insights into βarr-mediated inactivation of family C GPCRs.
履歴
登録2024年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.32025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Metabotropic glutamate receptor 3
A: Beta-arrestin-1
S: scFv30
B: Metabotropic glutamate receptor 3
C: Beta-arrestin-1
D: scFv30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,17516
ポリマ－346,7126
非ポリマー3,46310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 RBAC

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 3 / mGluR3


分子量: 99301.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM3, GPRC1C, MGLUR3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14832
#2: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1 / Non-visual arrestin-2


分子量: 47067.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARRB1, ARR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49407

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抗体 / 糖 , 2種, 4分子 SD

#3: 抗体 scFv30


分子量: 26986.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#6: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPCR/beta-arrestin/scFv30 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正詳細: CtfFind 4.1.8 / タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51324 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00221612
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4729472
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.0537552
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0413408
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033706

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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