PDB-9ihs: Microbial transglutaminase mutant - D3C/G283C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ihs

タイトル

Microbial transglutaminase mutant - D3C/G283C

要素

Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / transglutaminase / thermostable mutant / disulfide bond

機能・相同性

Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase superfamily / Microbial transglutaminase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces mobaraensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Suzuki, M. / Date, M. / Kashiwagi, T. / Takahashi, K. / Nakamura, A. / Tanokura, M. / Suzuki, E. / Yokoyama, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024
タイトル: Random mutagenesis and disulfide bond formation improved thermostability in microbial transglutaminase.
著者: Suzuki, M. / Date, M. / Kashiwagi, T. / Takahashi, K. / Nakamura, A. / Tanokura, M. / Suzuki, E. / Yokoyama, K.

履歴

登録	2024年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ihs.cif.gz	307.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ihs.ent.gz	238.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ihs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/9ihs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/9ihs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

B: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

C: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

D: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.760, 117.360, 85.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.028, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / MTG / Transglutaminase / TGase 分子量: 37952.562 Da / 分子数: 4 / 変異: D3C,G283C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces mobaraensis (バクテリア) 発現宿主: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 参照: UniProt: P81453, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25 w/v% polyethylene glycol 1000, 100 mM MES-NaOH buffer (pH5.0), and 25 mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→78.659 Å / Num. obs: 93774 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8288 % / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 24.04
反射シェル	解像度: 2→2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.143 / Num. unique obs: 22950

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 4.3 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	4694	5.009 %
R_work	0.1807	89024	-
all	0.183	-	-
obs	-	93718	97.215 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.099 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	-0.147 Å²
2-	-	0.014 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10712	0	59	1106	11877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	11087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.652	15002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.854	5	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.613	20.987	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.921	15	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.445	15	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	5574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	7447
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.428	2.786	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.421	4.166	6611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.163	3.072	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.586	4.471	8390
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.403	38.078	18004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.282	316	0.21	6381	X-RAY DIFFRACTION	94.4836
2.052-2.108	0.27	333	0.196	6362	X-RAY DIFFRACTION	96.595
2.108-2.169	0.273	327	0.199	6180	X-RAY DIFFRACTION	96.6434
2.169-2.236	0.278	343	0.194	6014	X-RAY DIFFRACTION	96.9055
2.236-2.309	0.261	287	0.18	5862	X-RAY DIFFRACTION	96.8652
2.309-2.39	0.252	296	0.184	5692	X-RAY DIFFRACTION	97.4134
2.39-2.48	0.247	298	0.191	5425	X-RAY DIFFRACTION	97.2472
2.48-2.581	0.268	296	0.183	5261	X-RAY DIFFRACTION	97.2864
2.581-2.696	0.28	274	0.192	5086	X-RAY DIFFRACTION	97.7567
2.696-2.828	0.251	241	0.196	4877	X-RAY DIFFRACTION	97.6531
2.828-2.98	0.264	225	0.194	4636	X-RAY DIFFRACTION	97.9843
2.98-3.161	0.241	220	0.196	4398	X-RAY DIFFRACTION	97.5909
3.161-3.379	0.225	222	0.19	4113	X-RAY DIFFRACTION	98.3439
3.379-3.649	0.223	228	0.184	3808	X-RAY DIFFRACTION	98.1279
3.649-3.996	0.204	181	0.156	3574	X-RAY DIFFRACTION	98.247
3.996-4.466	0.179	158	0.146	3232	X-RAY DIFFRACTION	98.2609
4.466-5.155	0.195	154	0.153	2836	X-RAY DIFFRACTION	98.3553
5.155-6.306	0.22	138	0.185	2402	X-RAY DIFFRACTION	98.2972
6.306-8.89	0.202	104	0.166	1880	X-RAY DIFFRACTION	98.4127
8.89-47.08	0.214	53	0.188	1005	X-RAY DIFFRACTION	92.2406

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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