PDB-9iha: A-SPECTRIN SH3 DOMAIN V9L, A11V, M25V, V46F, V58L MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iha

タイトル

A-SPECTRIN SH3 DOMAIN V9L, A11V, M25V, V46F, V58L MUTANT

要素

Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Three-dimensional structure / SH3 domain / Cell signaling / Src-family / Hydrophobic-core mutations

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.013 Å

データ登録者

Vizarraga, D. / Fita, I. / Cianferoni, D. / Delgado, J. / Serrano, L.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Artificial intelligence and first-principle methods in protein redesign: A marriage of convenience?
著者: Cianferoni, D. / Vizarraga, D. / Fernandez-Escamilla, A.M. / Fita, I. / Hamdani, R. / Reche, R. / Delgado, J. / Serrano, L.

履歴

登録	2025年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iha.cif.gz	48.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iha.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iha_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iha_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9iha_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	9iha_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/9iha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/9iha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eybC 9eycC 9eyeC 9eyfC 9ih6C 9ih7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1

ヘテロ分子

7.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.021, 36.562, 64.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 / Alpha-II spectrin / Fodrin alpha chain 分子量: 7455.496 Da / 分子数: 1 / 変異: V9L, A11V, M25V, V46F, V58L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate and 0.1M Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.013→32.463 Å / Num. obs: 40408 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.013→1.03 Å / R_merge(I) obs: 1.689 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1981 / CC_1/2: 0.649 / R_pim(I) all: 0.51 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.013→32.463 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 0.932 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	2007	4.967 %
R_work	0.1629	38399	-
all	0.163	-	-
obs	-	40406	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.514 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.518 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.008 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.013→32.463 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	525	0	10	103	638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.033	0.013	616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.016	584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.008	1.654	844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.652	1.604	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.184	5	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.557	23.75	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.636	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.123	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.269	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.483	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.329	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.148	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.041	1.453	290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.918	1.432	289
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.464	2.167	373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.582	2.182	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.917	1.959	326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.475	1.85	316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.125	2.755	471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.757	2.648	459
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.011	19.955	701
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.654	18.217	663
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	31.377	3	1200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.013-1.039	0.339	168	0.356	2771	0.355	2940	0.869	0.847	99.966	0.332
1.039-1.068	0.324	125	0.271	2752	0.274	2877	0.889	0.903	100	0.238
1.068-1.099	0.255	138	0.213	2637	0.215	2775	0.934	0.944	100	0.178
1.099-1.132	0.18	151	0.174	2564	0.174	2715	0.952	0.961	100	0.141
1.132-1.169	0.172	146	0.154	2490	0.155	2636	0.964	0.964	100	0.127
1.169-1.21	0.167	134	0.149	2418	0.15	2552	0.964	0.967	100	0.125
1.21-1.256	0.184	116	0.145	2330	0.147	2446	0.959	0.967	100	0.122
1.256-1.307	0.169	102	0.148	2292	0.149	2394	0.962	0.966	100	0.132
1.307-1.365	0.18	113	0.15	2154	0.152	2267	0.959	0.969	100	0.135
1.365-1.432	0.154	115	0.141	2069	0.142	2184	0.972	0.974	100	0.132
1.432-1.509	0.143	81	0.147	2021	0.146	2102	0.981	0.974	100	0.141
1.509-1.6	0.168	96	0.14	1882	0.141	1978	0.973	0.978	100	0.14
1.6-1.711	0.142	96	0.135	1753	0.135	1849	0.975	0.979	100	0.143
1.711-1.847	0.12	88	0.133	1662	0.132	1750	0.982	0.979	100	0.151
1.847-2.023	0.145	91	0.132	1534	0.133	1625	0.978	0.979	100	0.154
2.023-2.261	0.14	63	0.133	1385	0.134	1448	0.978	0.98	100	0.165
2.261-2.608	0.169	58	0.153	1258	0.153	1316	0.963	0.975	100	0.195
2.608-3.189	0.124	50	0.166	1072	0.164	1122	0.979	0.97	100	0.22
3.189-4.489	0.183	46	0.166	847	0.167	893	0.973	0.973	100	0.229
4.489-32.463	0.317	30	0.275	508	0.277	540	0.899	0.938	99.6296	0.415

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.3454 Å / Origin y: -10.5831 Å / Origin z: -9.2418 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0141 Å²	-0.0034 Å²	-0.0025 Å²	-	0.0176 Å²	-0.0029 Å²	-	-	0.0019 Å²
L	0.1808 °²	-0.0661 °²	-0.0681 °²	-	0.0296 °²	0.0335 °²	-	-	0.0469 °²
S	-0.0115 Å °	-0.0092 Å °	-0.0034 Å °	0.0042 Å °	0.0073 Å °	0.0016 Å °	0.0022 Å °	0.0044 Å °	0.0042 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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