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- PDB-9ih0: Crystal structure of Vaspin with PolyP45 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ih0
タイトルCrystal structure of Vaspin with PolyP45
要素Serpin A12
キーワードPROTEIN BINDING / DNA / serpin / polyphosphate / adipocytes / translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / gluconeogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / gluconeogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Useini, A. / Strater, N. / Heiker, J.T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)209933838 ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Vaspin identified as a DNA-binding serpin with functional consequences for protease inhibition.
著者: Mohlis, K. / Useini, A. / Betat, H. / Bonin, S. / Broghammer, H. / Nuwayhid, R. / Langer, S. / Morl, M. / Strater, N. / Heiker, J.T.
履歴
登録2025年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serpin A12
B: Serpin A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2624
ポリマ－95,1882
非ポリマー1,0742
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area32740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)143.257, 147.977, 62.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serpin A12 / OL-64 / Visceral adipose tissue-derived serine protease inhibitor / Vaspin / Visceral adipose-specific serpin


分子量: 47593.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IW75
#2: 化合物 ChemComp-A1I43 / dodecaphosphate


分子量: 977.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H14O37P12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.1, 9% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) DMSO, 0.5% (w/v) n-Octyl-beta-D-glucoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→101.08 Å / Num. obs: 40630 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.48 Å / Num. unique obs: 2032 / CC1/2: 0.569

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0419精密化
Coot0.9.8.93モデル構築
PHENIX1.21.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→35.37 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 2059 5.07 %
Rwork0.2178 --
obs0.2189 40596 69.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→35.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6007 0 54 44 6105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3152391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041059
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.310.327740.477487X-RAY DIFFRACTION2
2.31-2.370.4951110.3823291X-RAY DIFFRACTION
2.37-2.430.3635400.3676761X-RAY DIFFRACTION20
2.43-2.510.3728720.32431314X-RAY DIFFRACTION35
2.51-2.590.3709990.31021816X-RAY DIFFRACTION49
2.59-2.680.3411090.30322291X-RAY DIFFRACTION62
2.68-2.790.34491550.29692826X-RAY DIFFRACTION76
2.79-2.910.31652040.29463331X-RAY DIFFRACTION91
2.91-3.070.33631880.28263705X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.260.3211840.28013658X-RAY DIFFRACTION98
3.26-3.510.26341820.22353641X-RAY DIFFRACTION98
3.51-3.860.21662060.19623706X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.420.21632120.17553718X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.570.17962020.16913702X-RAY DIFFRACTION100
5.57-35.370.20761910.21273690X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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