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- PDB-9ig6: Hen egg-white lysozyme structure determined by 3DED/MicroED on a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ig6
タイトルHen egg-white lysozyme structure determined by 3DED/MicroED on a 200 keV microscope
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / 3DED / MicroED
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shaikhqasem, A. / Hamdi, F. / Machner, L. / Parthier, C. / Breithaupt, C. / Kyrilis, F.L. / Feller, S.M. / Kastritis, P.L. / Stubbs, M.T.
資金援助6件
組織認可番号国
Other governmentBMBF ZIK HALOmem, grant no. 03Z22HN23
Other governmentBMBF ZIK HALOmem, grant no. 03Z22HI2
Other governmentBMBF, CORONAmem, grant no. 03COV04
Other governmentEFRE for Saxony-Anhalt (grant no. ZS/2016/04/78115 and grant no. ZS/2024/05/187255
Other governmentDFG, project numbers 391498659, RTG 2467 and 514901783, CRC 1664
Other governmentThe European Union Horizon Europe ERA Chair hot4cryo, project number 101086665
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hen egg-white lysozyme structure determined by 3DED/MicroED on a 200 keV microscope
著者: Shaikhqasem, A. / Hamdi, F. / Machner, L. / Parthier, C. / Breithaupt, C. / Kyrilis, F.L. / Feller, S.M. / Kastritis, P.L. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2025年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.59, 78.59, 37.84
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 変異: none / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: 129 / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: lysozyme / タイプ: TISSUE / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
緩衝液pH: 4.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 12 seconds

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データ収集

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm
撮影電子線照射量: 0.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k)
EM回折 シェル解像度: 2.8→55.5 Å / フーリエ空間範囲: 80.7 % / 多重度: 7.7 / 構造因子数: 2574 / 位相残差: 58.6 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 80.7 % / 再高解像度: 2.8 Å / 測定した強度の数: 20009 / 構造因子数: 2574
位相誤差の除外基準: Weak reflections with I/sigma < 1.0 were excluded
Rmerge: 80

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
画像処理詳細: CRYSTALLOGRAPHY
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 78.6 Å / B: 78.6 Å / C: 37.8 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3J4G

3j4g


解像度: 2.8→25.765 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.834 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.724 / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3261 129 5.025 %
Rwork0.2943 2438 -
all0.296 --
obs-2567 80.698 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.552 Å20 Å20 Å2
2---4.552 Å20 Å2
3---9.103 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0040.0121021
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.3151.7771381
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg6.2395128
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg3.047511
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg14.82710166
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_6_deg14.4871050
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0980.2144
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0050.02819
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.2530.2509
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.310.2698
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.450.250
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.20.224
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2790.211
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it2.4853.352515
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it4.1646.02642
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it3.0293.772506
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it4.9846.786739
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it9.8341.3054456
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.801-2.8730.35890.3621610.3622150.8910.86579.06980.332
2.873-2.950.18650.3381730.3322230.9910.87179.82060.294
2.95-3.0350.19670.2961700.2912110.9520.90283.88630.261
3.035-3.1270.46780.3061660.3112120.7810.90182.07550.264
3.127-3.2280.23590.2641470.2622000.960.919780.22
3.228-3.3390.229100.251490.2491920.9530.92582.81250.204
3.339-3.4630.397100.2441540.2532010.9250.93581.5920.203
3.463-3.6020.2470.2231360.2241770.980.95180.7910.18
3.602-3.7580.372110.2621360.2711820.8580.93580.76920.217
3.758-3.9380.35840.2191310.2221650.9910.94581.81820.166
3.938-4.1450.54210.2451270.2471610.93579.50310.178
4.145-4.390.27570.231250.2331570.9220.94984.07640.185
4.39-4.6830.35570.2641060.2711460.9160.94577.39730.218
4.683-5.0440.17450.2811110.2751390.9960.92683.45320.199
5.044-5.5050.19430.3821020.3731360.9950.87877.20590.276
5.505-6.120.40240.328950.3311160.9210.89385.34480.248
6.12-7.0010.59880.394760.4131060.8430.87779.24530.298
7.001-8.420.33460.342720.341960.9040.88981.250.274
8.42-11.3190.33740.475610.466820.8620.81779.26830.359
11.319-25.7650.50240.569400.565570.350.82777.1930.445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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