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万見
- PDB-9ify: FSP1 (tetrapod ancestor) bound to FAD and NAD+ and coenzyme Q1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ify
タイトルFSP1 (tetrapod ancestor) bound to FAD and NAD+ and coenzyme Q1
要素FSP1 (tetrapod ancestor)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavin / NAD / coenzyme Q / ferroptosis / myristoylation / inhibitor discovery
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UBIQUINONE-1
機能・相同性情報
生物種Mammalia (両生類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cecchini, D. / Mattevi, A.
資金援助European Union, イタリア, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101094471European Union
Italian Association for Cancer Research28754 イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Best-in-Class FSP1 Inhibitors Unraveled By AI-Enhanced Adaptive Screening Platform
著者: Cecchini, D. / Mattevi, A.
履歴
登録2025年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FSP1 (tetrapod ancestor)
B: FSP1 (tetrapod ancestor)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,19510
ポリマ－79,6212
非ポリマー3,5748
水6,557364
1
A: FSP1 (tetrapod ancestor)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5795
ポリマ－39,8111
非ポリマー1,7684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FSP1 (tetrapod ancestor)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6165
ポリマ－39,8111
非ポリマー1,8054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.513, 79.146, 112.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FSP1 (tetrapod ancestor)


分子量: 39810.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mammalia (両生類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 372分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06 M MgCl2, 0.06 CaCl2, 0.1 M imidazole/MES monohydrate (acid) pH 6.5, 20.0% PEG500* MME, 10% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.81 Å / Num. obs: 79096 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Num. measured all: 10946 / Num. unique obs: 4248 / CC1/2: 0.709 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 0.844 / Χ2: 0.46 / Net I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→37.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.029 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22585 3879 4.9 %RANDOM
Rwork0.18808 ---
obs0.18998 75201 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å2-0.77 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→37.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5541 0 242 364 6147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.6438082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.481.57613097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7355742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.335536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.051101016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6092.8342953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6092.8342953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.655.0833700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.655.0833701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4213.2573000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.423.2593001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3165.7974383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.71330.26872
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.69329.866799
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 275 -
Rwork0.333 5613 -
obs--96.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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