[日本語] English
万見
- PDB-9ifp: Unspecific peroxygenase from Psathyrella aberdarensis (PabUPO-II)... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ifp
タイトルUnspecific peroxygenase from Psathyrella aberdarensis (PabUPO-II) in complex with 2,6-dimethoxyphenol
要素Heme-thiolate peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxygenase / peroxidase / complex / 2 / 6-dimethoxyphenol
機能・相同性
機能・相同性情報


unspecific peroxygenase / peroxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chloroperoxidase / Chloroperoxidase-like superfamily / Peroxidase, family 2 / Heme haloperoxidase family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-dimethoxyphenol / beta-D-mannopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / alpha-D-mannopyranose / Heme-thiolate peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Candolleomyces aberdarensis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fernandez-Garcia, A. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSynergy CAM Project Y2018/BIO-4738-EVOQUIMERA-CM スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unspecific peroxygenase from Psathyrella aberdarensis
著者: Fernandez-Garcia, A. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2025年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heme-thiolate peroxidase
B: Heme-thiolate peroxidase
C: Heme-thiolate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,68453
ポリマ－109,8913
非ポリマー10,79350
水12,701705
1
A: Heme-thiolate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,10118
ポリマ－36,6301
非ポリマー4,47117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heme-thiolate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,45221
ポリマ－36,6301
非ポリマー3,82220
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Heme-thiolate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,13114
ポリマ－36,6301
非ポリマー2,50113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)271.298, 74.502, 106.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Heme-thiolate peroxidase


分子量: 36630.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candolleomyces aberdarensis (菌類) / 遺伝子: EST38_g8238 / 発現宿主: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: A0A4V1Q376, unspecific peroxygenase

-
糖 , 5種, 18分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#11: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#12: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 737分子

#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-3DM / 2,6-dimethoxyphenol / 2,6-ジメトキシフェノ-ル


分子量: 154.163 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.85M ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH 7.5, additive: 30% v/v ethylene glycol Soaking: 25 mM 2,6-dimethoxyphenol 2h30, cryoprotected with 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.53 Å / Num. obs: 154714 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.172 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7624 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.486 / Rrim(I) all: 1.271 / Χ2: 0.82 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→45.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.429 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21885 7875 5.1 %RANDOM
Rwork0.19972 ---
obs0.20071 146839 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3 Å20 Å20.51 Å2
2--3.68 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→45.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8398 0 78 705 9181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0128814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0167739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.84112128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5341.74217879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23251022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.839562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.115101105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1934.4954037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1934.4954037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3598.0695046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3588.0685047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0225.184777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0175.1784762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9739.3727049
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.49243.9910160
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.50943.949999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 536 -
Rwork0.349 10847 -
obs--99.88 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る