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万見
- PDB-9if4: Structure of the Mycobacterium Tuberculosis ClpC1P1P2 complex bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9if4
タイトルStructure of the Mycobacterium Tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-Leu-Leu
要素
  • (ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ...) x 2
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
  • Unknown peptide
  • activator Bz-Leu-Leu
キーワードCHAPERONE / protein quality control / peptide activator / protease / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpP, Ser active site / ClpA/B, conserved site 1 / Endopeptidase Clp serine active site. / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpP, Ser active site / ClpA/B, conserved site 1 / Endopeptidase Clp serine active site. / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp, repeat (R) domain / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / Clp repeat (R) domain profile. / : / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ClpP/crotonase-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Weinhaeupl, K. / Semchonok, D. / Gragera, M. / Arranz, R. / Bueno Carrasco, M.T. / Fraga, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Other governmentInstruct-ERIC 30641, 26164
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Mycobacterium Tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to the activator Bz-Leu-Leu
著者: Weinhaeupl, K. / Semchonok, D.A. / Gragera, M. / Arranz, R. / Bueno Carrasco, M.T. / Fraga, H.
履歴
登録2025年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
U: activator Bz-Leu-Leu
V: activator Bz-Leu-Leu
W: activator Bz-Leu-Leu
Y: activator Bz-Leu-Leu
Z: activator Bz-Leu-Leu
a: activator Bz-Leu-Leu
b: activator Bz-Leu-Leu
X: Unknown peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)741,76940
ポリマ－736,00228
非ポリマー5,76612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1


分子量: 73575.680 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: clpC1, Rv3596c, MTCY07H7B.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPC9

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ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ... , 2種, 14分子 GHIJLMKNOPQRST

#2: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / Endopeptidase Clp 2


分子量: 21914.957 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: clpP2, Rv2460c, MTV008.16c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPC3, endopeptidase Clp
#3: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / Endopeptidase Clp 1


分子量: 19496.270 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: clpP1, clpP, Rv2461c, MTV008.17c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPC5, endopeptidase Clp

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タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 UVWYZabX

#4: タンパク質・ペプチド
activator Bz-Leu-Leu


分子量: 348.437 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 12分子

#6: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ClpC1P1P2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影電子線照射量: 46 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.6.0粒子像選択
4cryoSPARC4.6.0CTF補正Patch CTF
9PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
10cryoSPARC4.6.0初期オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1372648
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 71218 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Average of the two focused maps that have been used to build the composite map. For the focused maps the FSC at 0.143 CUT-OFF has been used
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 56.12 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005945795
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.515661809
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0417128
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00557958
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.82986395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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