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万見
- PDB-9ida: Human Deoxyhypusine Synthase Fragment Screening Campaign - ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ida
タイトルHuman Deoxyhypusine Synthase Fragment Screening Campaign - ligand VT00079
要素Deoxyhypusine synthase
キーワードTRANSFERASE / fragment screening / polyamines / high-throughput / posttranslational modifications
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / protein maturation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / protein maturation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2-methoxybenzamide / Deoxyhypusine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Wilk, P. / Wator-Wilk, E. / Krojer, T. / Grudnik, P.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2019/33/B/NZ1/01839 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2022/47/B/NZ7/01667 ポーランド
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2026
タイトル: Crystallographic fragment screening supports tool compound discovery and reveals conformational flexibility in human deoxyhypusine synthase.
著者: Wilk, P. / Wator-Wilk, E. / Muszak, D. / Kochanowski, P. / Krojer, T. / Grudnik, P.
履歴
登録2025年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22026年2月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8367
ポリマ－82,0892
非ポリマー1,7475
水8,845491
1
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子

A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,67314
ポリマ－164,1784
非ポリマー3,49510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area32030 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area43300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.165, 105.165, 160.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-732-

HOH

21B-668-

HOH

31B-723-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Deoxyhypusine synthase / DHS


分子量: 41044.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UYY / 2-methoxybenzamide


分子量: 151.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.025-0.125 mM carboxylic acid mix, 30-60% precipitant mix (MPD, PEG 1000, PEG 3350), 100 mM Tris-Bicine pH = 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→46.09 Å / Num. obs: 196214 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 11.16 % / Biso Wilson estimate: 31.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.41-1.492.9910.29295950.3724.30498.7
4.3-46.0910.060.03756.1532340.9990.03999.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータスケーリング
DIMPLE位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→46.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 9724 5 %RANDOM
Rwork0.20214 ---
obs0.20297 186582 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.971 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.41→46.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 0 118 491 6069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0125821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0165512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.861.6617930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0251.57812681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9255728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.604535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.42210970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.026862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.021358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8363.1752835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8333.1752835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9245.7133542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9245.7143543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0593.4382986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0593.4382987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8266.1974369
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.08433.626796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.08433.626797
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.446 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.552 658 -
Rwork0.519 12852 -
obs--93.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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