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- PDB-9ibr: Crystal structure of HNF4 alpha LBD complexed with GRIP-1 peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ibr
タイトルCrystal structure of HNF4 alpha LBD complexed with GRIP-1 peptide and ESY13
要素
  • Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Hepatocyte nuclear factor 4-alpha / Nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth hormone receptor signaling pathway / regulation of ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / signal transduction involved in regulation of gene expression / triglyceride homeostasis / lipid homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells ...regulation of growth hormone receptor signaling pathway / regulation of ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / signal transduction involved in regulation of gene expression / triglyceride homeostasis / lipid homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of lipid metabolic process / response to glucose / regulation of insulin secretion / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / regulation of circadian rhythm / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / nuclear receptor activity / blood coagulation / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Morozov, V. / Merk, D. / Schallmayer, A.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2025
タイトル: A First-in-Class Hepatocyte Nuclear Factor 4 Agonist.
著者: Schallmayer, E. / Morozov, V. / Duensing-Kropp, S. / Schallmayer, L. / Schuffner, L. / Schubert-Zsilavecz, M. / Pabel, J. / Hofner, G. / Heering, J. / Marschner, J.A. / Merk, D.
履歴
登録2025年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5073
ポリマ-27,2702
非ポリマー2371
00
1
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0146
ポリマ-54,5404
非ポリマー4742
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)87.769, 87.769, 62.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 4-alpha / HNF-4-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group A member 1 / Transcription factor 14 / TCF-14 / ...HNF-4-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group A member 1 / Transcription factor 14 / TCF-14 / Transcription factor HNF-4


分子量: 25993.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNF4A, HNF4, NR2A1, TCF14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41235
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2


分子量: 1276.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-A1I1W / 2-hydroxy-5-(phenylethynyl)benzoic acid


分子量: 237.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C15H9O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG3350 8% ethylene glycol 0.1M bis-tris-propane pH 8.5 -

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→51.12 Å / Num. obs: 4630 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.69 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.777→3.031 Å / Num. unique obs: 231 / CC1/2: 0.103

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→51.12 Å / SU ML: 0.4001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.8201
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3546 245 5.29 %
Rwork0.2898 4384 -
obs0.2923 4629 70.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→51.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1681 0 18 0 1699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52232327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0777281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8319604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-3.50.3931800.36271170X-RAY DIFFRACTION38.92
3.5-51.120.34771650.27843214X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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