PDB-9ib9: Tumor necrosis factor-like lectin PLTL from Photorhabdus laumondi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ib9

タイトル

Tumor necrosis factor-like lectin PLTL from Photorhabdus laumondii in complex with B Lewis b pentasaccharide

要素

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / TNF-like / Photorhabdus laumondii / PLTL / fucose-binding

機能・相同性

: / Bc2l-C, N-terminal domain / : / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Melicher, F. / Wimmerova, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural and functional characterization of the newly identified Photorhabdus laumondii tumor necrosis factor-like lectin.
著者: Melicher, F. / Dobes, P. / Komarek, J. / Faltinek, L. / Korsak, M. / Sykorova, P. / Houser, J. / Wimmerova, M.

履歴

登録	2025年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ib9.cif.gz	489.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ib9.ent.gz	308.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ib9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/9ib9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/9ib9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ib6C 9ib7C 9ib8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

D: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

E: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

F: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

ヘテロ分子

94.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.303, 166.979, 50.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.629, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

分子量: 14951.746 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu4240 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZP1

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 837.771 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Oligosaccharide with branches / 参照: BIRD: PRD_002591

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-3[LFucpa1-4]DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-4-3/a3-b1_a4-e1_b2-c1_b3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}[(4+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

構成要素の詳細

Blood group antigen composed of fucose, galactose and N-acetyl-beta-D-glucosamine. Branched amino ...

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: trisodium citrate, PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→48.24 Å / Num. obs: 186694 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 26429 / CC_1/2: 0.693

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→46.388 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.761 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1731	9353	5.012 %
R_work	0.1421	177249	-
all	0.144	-	-
obs	-	186602	96.066 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.047 Å²	0 Å²	-0.261 Å²
2-	-	-0.297 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.503 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6171	0	342	582	7095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	7255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.697	1.774	10073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.599	1.706	15344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.101	5	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.689	5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.816	10	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.342	10	282
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	6191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	3695
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.054	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.834	1.616	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.825	1.616	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.769	2.914	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.772	2.915	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.147	4.251	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.146	4.25	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.562	13.013	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.561	13.011	5525
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.506	669.506	7787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.505	669.422	7788
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.566	3	13836

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.268	668	0.231	12749	0.233	14320	0.959	0.972	93.6941	0.222
1.334-1.37	0.238	665	0.202	12306	0.204	13967	0.966	0.978	92.8689	0.189
1.37-1.41	0.222	637	0.17	12256	0.172	13578	0.973	0.984	94.9551	0.156
1.41-1.453	0.198	635	0.145	11950	0.148	13208	0.978	0.988	95.2832	0.132
1.453-1.501	0.184	592	0.136	11675	0.139	12828	0.98	0.99	95.6268	0.123
1.501-1.554	0.179	571	0.12	11233	0.122	12331	0.981	0.992	95.7262	0.107
1.554-1.612	0.162	525	0.108	11023	0.111	12004	0.983	0.993	96.2013	0.098
1.612-1.678	0.15	559	0.101	10587	0.103	11557	0.987	0.994	96.4437	0.092
1.678-1.752	0.16	527	0.102	10014	0.105	10949	0.984	0.994	96.2736	0.095
1.752-1.838	0.159	483	0.113	9451	0.115	10561	0.983	0.993	94.0631	0.106
1.838-1.937	0.17	521	0.12	9327	0.123	10116	0.982	0.992	97.3507	0.116
1.937-2.054	0.165	464	0.134	8733	0.135	9402	0.984	0.991	97.8196	0.131
2.054-2.196	0.176	483	0.143	8307	0.145	8976	0.983	0.989	97.9278	0.143
2.196-2.371	0.17	362	0.134	7746	0.136	8275	0.983	0.99	97.9819	0.135
2.371-2.597	0.173	418	0.137	7119	0.139	7670	0.982	0.989	98.266	0.14
2.597-2.902	0.169	360	0.147	6469	0.148	6918	0.983	0.987	98.7135	0.152
2.902-3.349	0.166	274	0.154	5553	0.155	6157	0.984	0.986	94.6403	0.163
3.349-4.097	0.166	273	0.148	4836	0.149	5141	0.983	0.988	99.3776	0.161
4.097-5.771	0.154	218	0.144	3791	0.144	4024	0.991	0.992	99.6272	0.16
5.771-46.388	0.214	118	0.205	2124	0.206	2258	0.981	0.983	99.2914	0.219

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