PDB-9ib7: Tumor necrosis factor-like lectin PLTL from Photorhabdus laumondi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ib7

タイトル

Tumor necrosis factor-like lectin PLTL from Photorhabdus laumondii in complex with Blood group B trisaccharide

要素

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / TNF-like / Photorhabdus laumondii / PLTL / fucose-binding

機能・相同性

: / Bc2l-C, N-terminal domain / alpha-L-fucopyranose / alpha-D-galactopyranose / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Melicher, F. / Wimmerova, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural and functional characterization of the newly identified Photorhabdus laumondii tumor necrosis factor-like lectin.
著者: Melicher, F. / Dobes, P. / Komarek, J. / Faltinek, L. / Korsak, M. / Sykorova, P. / Houser, J. / Wimmerova, M.

履歴

登録	2025年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ib7.cif.gz	101.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ib7.ent.gz	74.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ib7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/9ib7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/9ib7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ib6C 9ib8C 9ib9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

ヘテロ分子

46.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

ヘテロ分子

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
92.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.823, 81.823, 112.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 15/17

分子量: 14951.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu4240 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZP1

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 糖

ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: PEG1500, trisodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.474 Å / Num. obs: 61937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 8898 / CC_1/2: 0.847 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→46.474 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.364 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	3147	5.088 %
R_work	0.1743	58710	-
all	0.176	-	-
obs	-	61857	99.992 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.274 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.319 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.319 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.638 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.474 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3020	0	89	215	3324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	1.767	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.596	1.7	7049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.929	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.126	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.297	10	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.208	10	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.395	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.616	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.954	2.021	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.943	2.021	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.689	3.628	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.689	3.629	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.993	2.333	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.992	2.333	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.276	4.161	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.275	4.161	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.279	20.855	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.278	20.855	3510

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.269	209	0.239	4285	0.24	4494	0.946	0.961	100	0.216
1.539-1.581	0.248	238	0.214	4156	0.215	4394	0.958	0.969	100	0.187
1.581-1.627	0.254	199	0.199	4052	0.202	4251	0.959	0.973	100	0.172
1.627-1.677	0.252	186	0.195	3977	0.197	4163	0.959	0.975	100	0.165
1.677-1.732	0.235	196	0.187	3826	0.189	4022	0.964	0.977	100	0.157
1.732-1.792	0.216	218	0.178	3687	0.18	3905	0.97	0.98	100	0.149
1.792-1.86	0.227	201	0.173	3579	0.176	3780	0.967	0.981	100	0.145
1.86-1.936	0.198	202	0.168	3436	0.17	3638	0.975	0.983	100	0.144
1.936-2.022	0.187	175	0.169	3309	0.169	3484	0.979	0.982	100	0.145
2.022-2.12	0.193	175	0.16	3165	0.162	3340	0.976	0.984	100	0.141
2.12-2.235	0.187	179	0.166	3016	0.168	3195	0.978	0.983	100	0.148
2.235-2.37	0.232	135	0.174	2896	0.177	3031	0.968	0.981	100	0.156
2.37-2.533	0.206	155	0.176	2698	0.178	2853	0.974	0.981	100	0.16
2.533-2.735	0.188	124	0.178	2553	0.178	2677	0.977	0.98	100	0.165
2.735-2.995	0.217	132	0.175	2320	0.178	2453	0.971	0.981	99.9592	0.168
2.995-3.347	0.198	106	0.178	2143	0.179	2249	0.979	0.98	100	0.174
3.347-3.862	0.201	101	0.173	1917	0.175	2018	0.974	0.982	100	0.178
3.862-4.721	0.157	93	0.142	1613	0.142	1707	0.987	0.989	99.9414	0.154
4.721-6.643	0.164	65	0.161	1307	0.161	1372	0.987	0.987	100	0.178
6.643-46.474	0.188	58	0.225	775	0.222	833	0.979	0.964	100	0.245

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関連情報:EMDBヘッダ

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