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- PDB-9iab: Structure of the Argonaute-associated Cas4 family protein 1 (ACE1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iab
タイトルStructure of the Argonaute-associated Cas4 family protein 1 (ACE1) from Chroococcidiopsis thermalis (CtACE1)
要素PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cas4 family protein / deoxyribonuclease / hydrolase
機能・相同性PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / IRON/SULFUR CLUSTER / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Chroococcidiopsis thermalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Bobadilla Ugarte, P. / Halter, S. / Jinek, M. / Swarts, D.C.
資金援助European Union, オランダ, メキシコ, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2020-STG 948783European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)016.Veni.192.072 オランダ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)682509 メキシコ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 179-2015European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)aALTF 509-2017European Union
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: Cyanobacterial Argonautes and Cas4 family nucleases cooperate to interfere with invading DNA.
著者: Bobadilla Ugarte, P. / Halter, S. / Mutte, S.K. / Heijstek, C. / Niault, T. / Terenin, I. / Barendse, P. / Koopal, B. / Roosjen, M. / Boeren, S. / Hauryliuk, V. / Jinek, M. / Westphal, A.H. / Swarts, D.C.
履歴
登録2025年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein
B: PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,77813
ポリマ－62,8132
非ポリマー1,96511
水7,116395
1
A: PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5338
ポリマ－31,4071
非ポリマー1,1267
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2455
ポリマ－31,4071
非ポリマー8384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.910, 44.950, 74.060
Angle α, β, γ (deg.)100.170, 92.220, 105.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein


分子量: 31406.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expression constructed contained His-MBP-TEV site, hence altered amino acids on positions 1-2.
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis (バクテリア)
遺伝子: Chro_5200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9U6V4
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution: -7.5 mg/ml CtACE1 -10 mM HEPES-KOH pH7.5 -250 mM KCl -1 mM DTT Reservoir solution: -0.1 M MES pH 6-7 -0.2 M (NH4)2SO4 -20-25% PEG MME 5K
PH範囲: 6-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→43.02 Å / Num. obs: 144407 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 31.65
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique obs: 7241 / CC1/2: 0.918 / Rrim(I) all: 0.559 / % possible all: 94.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.57→43.02 Å / SU ML: 0.1826 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.815
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 3917 2.71 %
Rwork0.1859 140490 -
obs0.1863 144407 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 89 395 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10756158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0579656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0149788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.48331732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.590.3511360.27374995X-RAY DIFFRACTION92.75
1.59-1.610.28411420.26755030X-RAY DIFFRACTION93.32
1.61-1.630.25721340.25844859X-RAY DIFFRACTION93.47
1.63-1.650.24011360.25414951X-RAY DIFFRACTION93.48
1.65-1.680.26331400.24825000X-RAY DIFFRACTION94.24
1.68-1.70.32031390.23214966X-RAY DIFFRACTION93.84
1.7-1.730.2651440.23545143X-RAY DIFFRACTION94.44
1.73-1.760.25371360.23184838X-RAY DIFFRACTION94.31
1.76-1.790.23461410.24065038X-RAY DIFFRACTION93.99
1.79-1.820.27651370.2444997X-RAY DIFFRACTION94.48
1.82-1.850.30271400.24145058X-RAY DIFFRACTION94.61
1.85-1.890.28991410.22995006X-RAY DIFFRACTION94.89
1.89-1.930.23091410.21795014X-RAY DIFFRACTION94.73
1.93-1.980.20271400.19864997X-RAY DIFFRACTION94.71
1.98-2.030.2191380.19585059X-RAY DIFFRACTION95.01
2.03-2.080.23351390.18874991X-RAY DIFFRACTION95.14
2.08-2.140.17441440.19445101X-RAY DIFFRACTION95.05
2.14-2.210.22191380.18464970X-RAY DIFFRACTION94.59
2.21-2.290.22391350.18475029X-RAY DIFFRACTION95.28
2.29-2.380.26341430.17425057X-RAY DIFFRACTION94.68
2.38-2.490.18141400.18325030X-RAY DIFFRACTION94.76
2.49-2.620.22311400.17755055X-RAY DIFFRACTION95.46
2.62-2.790.21291410.19465075X-RAY DIFFRACTION95.6
2.79-30.26371420.19225110X-RAY DIFFRACTION95.28
3-3.310.19981390.1874899X-RAY DIFFRACTION94.27
3.31-3.780.17141420.16125049X-RAY DIFFRACTION94.38
3.78-4.760.13171420.14895078X-RAY DIFFRACTION96.52
4.77-43.020.15541470.18335095X-RAY DIFFRACTION95.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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