PDB-9i9g: Crystal structure of human eIF4A1 C-terminal domain in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i9g

タイトル

Crystal structure of human eIF4A1 C-terminal domain in complex with hippuristanol

要素

Eukaryotic initiation factor 4A-I

キーワード

TRANSLATION / INITIATION FACTOR / DEAD-BOX / HELICASE / ATPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / nuclear stress granule / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / cytoplasmic translational initiation / Ribosomal scanning and start codon recognition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Schmidt, T. / Bushell, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The mechanism of selective eIF4A1-dependent translation
著者: Schmidt, T. / Turnbull, A.P. / Bushell, M.

履歴

登録	2025年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i9g.cif.gz	57.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i9g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i9fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic initiation factor 4A-I

ヘテロ分子

20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.199, 32.974, 37.781
Angle α, β, γ (deg.)	77.093, 74.669, 81.044
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic initiation factor 4A-I / eIF-4A-I / eIF4A-I / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-1 分子量: 19858.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4A1, DDX2A, EIF4A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60842, RNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-A1I1L / Hippuristanol / (1S,2S,3'S,4S,6R,7R,8R,9S,11S,12S,13S,16R,18S)-2',2',3',7,9,13-hexamethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^2,9.0^4,8.0^13,18]icosane-6,5'-oxolane]-7,11,16-triol 分子量: 462.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20 % (w/v) PEG 6000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→35.76 Å / Num. obs: 15055 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 714 / CC_1/2: 0.967 / R_rim(I) all: 0.173

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→35.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.096 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1896	771	5.123 %
R_work	0.1489	14278	-
all	0.151	-	-
obs	-	15049	97.003 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.507 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.202 Å²	0.055 Å²	-0.114 Å²
2-	-	-0.583 Å²	0.29 Å²
3-	-	-	0.381 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1354	0	33	167	1554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.693	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.732	1.625	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.841	5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.466	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.406	10	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.605	10	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.125	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.53	1.412	678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.529	1.411	679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.371	2.532	847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.37	2.531	848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.644	1.717	769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.642	1.716	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.077	2.995	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.075	2.993	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.755	24.084	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.754	24.075	1733

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.168	61	0.169	1016	0.169	1178	0.982	0.983	91.4261	0.159
1.744-1.792	0.227	61	0.163	997	0.167	1097	0.973	0.984	96.4449	0.155
1.792-1.844	0.23	53	0.166	1004	0.17	1103	0.969	0.984	95.8296	0.159
1.844-1.9	0.204	53	0.155	955	0.158	1044	0.975	0.985	96.5517	0.152
1.9-1.962	0.229	54	0.159	923	0.162	1017	0.967	0.985	96.0669	0.155
1.962-2.031	0.216	43	0.151	913	0.154	988	0.976	0.987	96.7611	0.149
2.031-2.107	0.219	45	0.151	897	0.155	969	0.973	0.986	97.2136	0.151
2.107-2.193	0.208	40	0.144	840	0.147	905	0.974	0.988	97.2376	0.147
2.193-2.29	0.208	45	0.146	799	0.149	867	0.969	0.988	97.3472	0.149
2.29-2.401	0.178	42	0.145	776	0.147	841	0.978	0.987	97.2652	0.151
2.401-2.531	0.186	44	0.141	755	0.143	814	0.979	0.988	98.1572	0.148
2.531-2.683	0.205	33	0.14	696	0.143	744	0.975	0.989	97.9839	0.146
2.683-2.867	0.167	42	0.149	661	0.15	714	0.984	0.987	98.4594	0.159
2.867-3.095	0.158	31	0.143	626	0.144	670	0.983	0.988	98.0597	0.155
3.095-3.388	0.178	34	0.149	563	0.151	603	0.979	0.987	99.005	0.165
3.388-3.783	0.141	31	0.146	524	0.145	560	0.988	0.988	99.1071	0.161
3.783-4.36	0.152	15	0.127	463	0.128	482	0.985	0.99	99.1701	0.148
4.36-5.32	0.189	13	0.139	398	0.141	413	0.98	0.99	99.5157	0.166
5.32-7.438	0.186	20	0.193	298	0.192	319	0.986	0.982	99.6865	0.219
7.438-35.002	0.279	11	0.161	174	0.168	185	0.966	0.981	100	0.183

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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