PDB-9i8f: Structure of Encapsulin from Dendrosporobacter quercicolus, mutan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i8f

タイトル

Structure of Encapsulin from Dendrosporobacter quercicolus, mutant N198W

要素

Encapsulin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Encapsulin

機能・相同性

Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / Type 1 encapsulin shell protein

機能・相同性情報

生物種

Dendrosporobacter quercicolus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Belyy, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Encapsulin from Dendrosporobacter quercicolus, mutant N198W
著者: Pecanac, O. / Belyy, A. / Martin, C. / Kleissen, R. / Fraaije, M. / Loncar, N.

履歴

登録	2025年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i8f.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i8f.ent.gz	156.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/9i8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/9i8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	52716MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (2)

登録構造単位

C: Encapsulin

D: Encapsulin

B: Encapsulin

A: Encapsulin

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Encapsulin

D: Encapsulin

B: Encapsulin

A: Encapsulin

x 60

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
7.22 MDa, 240 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Encapsulin 分子量: 30103.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dendrosporobacter quercicolus (バクテリア) 遺伝子: SAMN04488502_10872 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G9WS71
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Encapsulin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Dendrosporobacter quercicolus (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 45 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3997 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.6 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	103488
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.641	140784
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	12.15	36960
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.045	16368
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.009	18288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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