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- PDB-9i8a: NXT1-NXF1 complex crystallized in space group P65 2 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i8a
タイトルNXT1-NXF1 complex crystallized in space group P65 2 2
要素
  • NTF2-related export protein 1
  • Nuclear RNA export factor 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Cancer Nuclear Transport Factor 2 Like Export Factor 1
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus ...nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / protein export from nucleus / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / Nuclear transport factor 2/Mtr2 / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / Nuclear transport factor 2/Mtr2 / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / RNA-binding domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear RNA export factor 1 / NTF2-related export protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Koekemoer, L. / Fairhead, M. / Wright, N.D. / Bowesman-Jones, H.J. / Adams, C.J. / Von Delft, F.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKCGCATF-2023/100049 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1OT2CA297644-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NXT1-NXF1 complex crystallized in space group P65 2 2
著者: Koekemoer, L. / Fairhead, M. / Wright, N.D. / Bowesman-Jones, H.J. / Adams, C.J. / Von Delft, F.
履歴
登録2025年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nuclear RNA export factor 1
A: NTF2-related export protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8212
ポリマ－36,8212
非ポリマー00
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.332, 105.332, 171.409
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Nuclear RNA export factor 1 / Tip-associated protein / Tip-associating protein / mRNA export factor TAP


分子量: 21163.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NXF1, TAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU9
#2: タンパク質 NTF2-related export protein 1 / Protein p15


分子量: 15657.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NXT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKK6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3 M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.922 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→91.22 Å / Num. obs: 89974 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.5 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 5.265 / Num. unique obs: 4422

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.100)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SIMBAD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.501→91.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.167 / WRfactor Rwork: 0.157 / SU B: 7.506 / SU ML: 0.101 / Average fsc free: 0.9586 / Average fsc work: 0.9709 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2005 2020 2.247 %
Rwork0.1703 87859 -
all0.171 --
obs-89879 99.951 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.107 Å20.054 Å20 Å2
2--0.107 Å2-0 Å2
3----0.347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.501→91.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 0 195 2738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122618
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.8063556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6151.755606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4265325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.115517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84910432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.74510123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.21952
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21340
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3520.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1520.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1970.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.6143.561297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other11.5893.5591297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.746.3991620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other15.7426.4021621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.2734.0121321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other14.2524.0111321
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it19.9197.1831935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other19.9147.1851936
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it23.74434.92797
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other23.2633.9412757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.08135056
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.501-1.540.3941620.34563440.34765320.890.9199.6020.394
1.54-1.5820.3831450.31662190.31863640.9030.9231000.369
1.582-1.6280.2891370.28160680.28162050.930.9471000.348
1.628-1.6780.2761340.2659330.26160670.9580.9561000.312
1.678-1.7330.2651260.2257260.22158520.9520.9711000.27
1.733-1.7930.2221120.19755480.19756600.970.9771000.239
1.793-1.8610.2531240.16653610.16854850.9620.9841000.2
1.861-1.9370.1971220.14551820.14653040.9820.9881000.169
1.937-2.0230.1871260.13449450.13550720.980.99199.98030.153
2.023-2.1220.1751140.13147560.13248700.9870.9921000.143
2.122-2.2370.175990.12945350.1346340.9850.9921000.138
2.237-2.3720.206920.12842960.1343880.9760.9921000.131
2.372-2.5360.22870.14440760.14541630.9710.9891000.138
2.536-2.7390.266940.16237700.16438640.9620.9861000.151
2.739-30.2910.17635070.17735980.9730.9821000.163
3-3.3540.198700.16831940.16932640.9710.9861000.158
3.354-3.8710.118700.13528410.13529110.9930.9911000.13
3.871-4.7390.122530.11424430.11424960.9890.9931000.113
4.739-6.6930.175390.1819420.1819810.9910.9891000.177
6.693-91.220.184230.25211730.25111960.9810.9531000.235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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