PDB-9i7z: LecA in complex with 2-fluoro non-carbohydrate glycomimetic

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i7z

タイトル

LecA in complex with 2-fluoro non-carbohydrate glycomimetic

要素

PA-I galactophilic lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / drug repurposing / glycomimetics / catechols / lectins / inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

heterophilic cell-cell adhesion / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Varrot, A.

資金援助

フランス,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: The Parkinson's Disease Drug Tolcapone and Analogues are Potent Glycomimetic Lectin Inhibitors of Pseudomonas aeruginosa LecA
著者: Leusmann, S. / Siebs, E. / Varrot, A. / Kuhaudomlarp, S. / Imberty, A. / Kuhn, B. / Lerner, C. / Grether, U. / Titz, A.

履歴

登録	2025年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i7z.cif.gz	124.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i7z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i7z_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i7z_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	9i7z_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	9i7z_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i7z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i80C 8guv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.14843851 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PA-I galactophilic lectin

B: PA-I galactophilic lectin

C: PA-I galactophilic lectin

D: PA-I galactophilic lectin

ヘテロ分子

53.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.576, 50.728, 71.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.011, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 1 - 121

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	A	A
2	1	1	B	B
3	2	2	A	A
4	2	2	C	C
5	3	3	A	A
6	3	3	D	D
7	4	4	B	B
8	4	4	C	C
9	5	5	B	B
10	5	5	D	D
11	6	6	C	C
12	6	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin 分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminal methionine cleaved 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / プラスミド: LecA-pet25b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097

#1: タンパク質

PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin

分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminal methionine cleaved
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / プラスミド: LecA-pet25b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097

-
非ポリマー , 10種, 409分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1IZM / [2,6-bis(fluoranyl)phenyl]-[3-nitro-4,5-bis(oxidanyl)phenyl]methanone 分子量: 295.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₇F₂NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-9YU / 2-[2-[2-[2-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol 分子量: 340.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₂O₈
#9: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#10: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.83 % / 解説: plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 26% Peg 6K, 1M LiCl and 100 mM sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.1 Å / Num. obs: 36840 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.3 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.563 / Num. unique obs: 2274 / CC_1/2: 0.814 / R_pim(I) all: 0.42 / R_rim(I) all: 0.706 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→41.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.51 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	1850	5.023 %
R_work	0.1581	34977	-
all	0.161	-	-
obs	-	36827	99.916 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.217 Å²	-0 Å²	1.719 Å²
2-	-	0.085 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.797 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→41.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3593	0	173	389	4155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.743	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.637	1.726	7980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.705	5	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.222	16.25	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.775	10	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.211	10	162
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.112	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.174	2.436	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.174	2.435	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.823	4.343	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.823	4.343	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.156	2.798	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.155	2.798	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.797	4.959	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.796	4.959	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.602	25.862	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.565	24.82	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.109	0.05	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.093	0.05	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.124	0.05	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.098	0.05	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.111	0.05	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.12	0.05	3561

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10905	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10905	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09329	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09329	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1242	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1242	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09757	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09757	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11124	0.05008
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11124	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12033	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12033	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.259	136	0.23	2554	0.231	2690	0.955	0.957	100	0.206
1.898-1.95	0.235	136	0.205	2524	0.207	2664	0.96	0.965	99.8499	0.18
1.95-2.006	0.24	120	0.188	2406	0.191	2528	0.962	0.972	99.9209	0.165
2.006-2.068	0.228	133	0.181	2353	0.184	2487	0.961	0.976	99.9598	0.159
2.068-2.136	0.217	100	0.164	2318	0.166	2424	0.969	0.981	99.7525	0.142
2.136-2.21	0.216	118	0.151	2235	0.154	2353	0.97	0.985	100	0.13
2.21-2.293	0.227	120	0.158	2107	0.162	2230	0.968	0.985	99.8655	0.139
2.293-2.387	0.217	96	0.154	2089	0.157	2187	0.969	0.985	99.9085	0.136
2.387-2.493	0.179	96	0.147	1987	0.148	2083	0.979	0.986	100	0.131
2.493-2.614	0.25	90	0.148	1908	0.152	1998	0.962	0.986	100	0.134
2.614-2.754	0.21	125	0.15	1806	0.154	1931	0.972	0.986	100	0.138
2.754-2.921	0.239	97	0.163	1675	0.167	1773	0.966	0.983	99.9436	0.152
2.921-3.121	0.22	106	0.168	1585	0.171	1691	0.968	0.983	100	0.16
3.121-3.37	0.202	74	0.156	1516	0.158	1590	0.977	0.986	100	0.153
3.37-3.689	0.16	67	0.144	1383	0.145	1451	0.983	0.989	99.9311	0.144
3.689-4.12	0.186	78	0.134	1250	0.137	1328	0.98	0.99	100	0.136
4.12-4.75	0.148	50	0.117	1129	0.118	1179	0.991	0.992	100	0.124
4.75-5.798	0.178	49	0.149	951	0.15	1001	0.988	0.989	99.9001	0.156
5.798-8.12	0.184	37	0.186	754	0.186	793	0.977	0.983	99.7478	0.191
8.12-41.23	0.206	22	0.204	447	0.204	473	0.979	0.978	99.1543	0.231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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