PDB-9i77: Deubiquitinase DUB16 from Leishmania donovani

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i77

タイトル

Deubiquitinase DUB16 from Leishmania donovani

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

キーワード

LIGASE / Ubiquitin / Leishmania / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

protein deubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Brannigan, J.A. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Structure and activity of the essential UCH family deubiquitinase DUB16 from Leishmania donovani.
著者: Brannigan, J.A. / Kamran, M. / Jones, N.G. / Nightingale, E.M. / Dodson, E.J. / Ejazi, S.A. / Mottram, J.C. / Ali, N. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i77.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i77.ent.gz	142.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i77_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i77_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	9i77_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	9i77_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALLS experiments established the enzyme as a monomer
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.4, 86.4, 125.57
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-338- HOH
2	1	A-392- HOH
3	1	B-376- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 分子量: 25402.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: DUB16 with a vestigial GPA at the N-terminus arising from HRV 3C cleavage of the affinity purification tag 由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: CGC20_27140, CGC21_8200, LDBPK_250190, LDHU3_25.0250 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A504WVB8, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Sitting drops composed of equal volumes of protein at 16 mg.ml-1 in 150 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 1 mM DTT and a crystallisation solution of 1.9 M ammonium sulphate in bis-Tris propane buffer (pH 7.0) PH範囲: 7.0 - 8.0 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→74.48 Å / Num. obs: 60298 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 0.59 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

% possible all: 99.8

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
9.11-74.48	17	0.022	90.1	465	1	0.007	0.024	0.67
1.69-1.72	18.3	3.738	0.5	3084	0.42	1.29	3.956	0.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データ収集
autoPROC		data processing
xia2		データ削減
MOLREP		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→74.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.202 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	3018	5.009 %
R_work	0.2106	57232	-
all	0.212	-	-
obs	-	60250	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	-0.28 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.817 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→74.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3395	0	0	213	3608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.8	4776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.561	1.743	7635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.831	5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.421	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14	10	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.372	10	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.887	4.144	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.886	4.144	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.194	7.414	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.196	7.415	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.634	4.642	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.632	4.643	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.994	8.29	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.993	8.29	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.807	41.043	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.732	40.628	3849

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.4	227	0.4	4168	X-RAY DIFFRACTION	99.773
1.744-1.792	0.376	220	0.376	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.844	0.364	222	0.364	3977	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.9	0.329	183	0.329	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.962	0.336	201	0.308	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.962-2.031	0.309	235	0.282	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.031-2.108	0.267	149	0.25	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.194	0.29	157	0.242	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.291	0.309	175	0.228	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.291-2.403	0.297	199	0.234	3081	X-RAY DIFFRACTION	99.9695
2.403-2.533	0.284	152	0.227	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.686	0.301	144	0.215	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.872	0.275	138	0.206	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-3.101	0.253	110	0.21	2478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.101-3.397	0.268	105	0.221	2279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.797	0.233	137	0.203	2038	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.382	0.205	100	0.162	1834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.382-5.363	0.131	73	0.131	1587	X-RAY DIFFRACTION	100
5.363-7.564	0.202	61	0.193	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
7.564-10	0.134	30	0.134	749	X-RAY DIFFRACTION	99.8718

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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