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- PDB-9i75: 14-3-3sigma binding to the ERa peptide and compound 25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i75
タイトル14-3-3sigma binding to the ERa peptide and compound 25
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Estrogen receptor
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / protein-protein interactions / stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen metabolic process / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / establishment of skin barrier / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / negative regulation of stem cell proliferation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of miRNA transcription / protein sequestering activity / nitric-oxide synthase regulator activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / transcription coregulator binding / positive regulation of protein export from nucleus / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / stem cell differentiation / cellular response to estradiol stimulus / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / regulation of protein localization / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell growth / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Estrogen receptor / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pennings, M.A.M. / Arkin, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147696 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Scaffold-hopping for molecular glues targeting the 14-3-3/ER alpha complex.
著者: Konstantinidou, M. / Zingiridis, M. / Pennings, M.A.M. / Fragkiadakis, M. / Virta, J.M. / Revalde, J.L. / Visser, E.J. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Neochoritis, C.G. / Arkin, M.R.
履歴
登録2025年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,82210
ポリマ－27,1572
非ポリマー6658
水6,161342
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,64420
ポリマ－54,3134
非ポリマー1,33116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area23820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.396, 112.435, 62.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 613.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372

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非ポリマー , 5種, 350分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-A1I02 / 2-chloranyl-~{N}-[4-[3-[(2,6-dimethyl-4-oxidanyl-phenyl)amino]imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl]phenyl]ethanamide


分子量: 420.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967697 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→56.22 Å / Num. obs: 791133 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 2742 / CC1/2: 0.962

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解析

ソフトウェア
名称分類
PDB-REDO精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→45.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.282 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15078 2908 5.1 %RANDOM
Rwork0.12187 ---
obs0.12335 54226 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å2-0 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 36 342 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0162055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0791.8282791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4641.5664537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5935.246284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.769175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47810395
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.2771.163994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.2761.163994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.8082.0991247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.8052.0991248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it22.4331.6811061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other22.431.6811061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other24.612.8561529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined24.00922.142600
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other22.91517.462477
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.62834016
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 201 -
Rwork0.145 3907 -
obs--98.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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