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- PDB-9i6i: Room-temperature structure of KR2 rhodopsin in pentameric form at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i6i
タイトルRoom-temperature structure of KR2 rhodopsin in pentameric form at 85% relative humidity
要素Sodium pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Sodium pump
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin
機能・相同性情報
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zabelskii, D. / Round, E. / Han, H. / von Stetten, D. / Melo, D. / de Wijn, R. / Bean, R. / Round, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Viscoelastic characterization of the lipid cubic phase provides insights into high-viscosity extrusion injection for XFEL experiments.
著者: Zabelskii, D. / Round, E. / Han, H. / von Stetten, D. / Letrun, R. / Kim, C. / Sato, T. / Melo, D. / de Wijn, R. / Kharitonov, K. / Smyth, P. / Doerner, K. / Kloos, M. / Dietze, T. / Lopez, L. ...著者: Zabelskii, D. / Round, E. / Han, H. / von Stetten, D. / Letrun, R. / Kim, C. / Sato, T. / Melo, D. / de Wijn, R. / Kharitonov, K. / Smyth, P. / Doerner, K. / Kloos, M. / Dietze, T. / Lopez, L. / Bean, R. / Round, A.
履歴
登録2025年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium pumping rhodopsin
B: Sodium pumping rhodopsin
C: Sodium pumping rhodopsin
D: Sodium pumping rhodopsin
E: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,87490
ポリマ－154,0385
非ポリマー25,83685
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35820 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area43050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)136.100, 240.900, 138.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Sodium pumping rhodopsin


分子量: 30807.639 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N0DKS8

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非ポリマー , 5種, 267分子

#2: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 / 詳細: 3.2M Sodium malonate pH 8.0 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Ambient temp details: Room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→69.25 Å / Num. obs: 45867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 85.1 % / Biso Wilson estimate: 65.93 Å2 / R split: 0.3471 / Net I/σ(I): 2.88
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 69.6 % / Num. unique obs: 4512 / R split: 1.1592 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse energy: 12700 µJ
Serial crystallography sample delivery解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: HARE chips

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFEL0.10.1データ削減
CrystFEL0.10.1データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→69.25 Å / SU ML: 0.3156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.4482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 2285 4.98 %
Rwork0.1741 43576 -
obs0.1753 45861 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→69.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10640 0 1110 182 11932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002511960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.541115879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03811704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.70654355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.27171320.22942718X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.140.21481570.1982647X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.210.2491510.20312701X-RAY DIFFRACTION99.89
3.22-3.30.25161300.19142694X-RAY DIFFRACTION99.96
3.3-3.40.20651430.17942694X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.510.23351280.17762706X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.630.1931560.16532704X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.780.18991470.15682687X-RAY DIFFRACTION99.96
3.78-3.950.18461320.15562718X-RAY DIFFRACTION99.96
3.95-4.160.16211400.14682719X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.420.15541540.14322703X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.760.18171420.14982736X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.240.15261400.15912737X-RAY DIFFRACTION100
5.24-60.19881470.18152741X-RAY DIFFRACTION100
6-7.560.21761450.19882787X-RAY DIFFRACTION100
7.56-69.250.23521410.20672884X-RAY DIFFRACTION99.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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