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万見
- PDB-9i65: Recombinant F-ENA-2 fibers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i65
タイトルRecombinant F-ENA-2 fibers
要素DUF4183 domain-containing protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / endospore appendage / ENA / helical / protein fiber / bacillus thuringiensis serovar kurstaki
機能・相同性Domain of unknown function DUF4183 / Domain of unknown function (DUF4183) / membrane / DUF4183 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Cohnella sp. OV330 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Sleutel, M. / Remaut, H.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G043021N ベルギー
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM analysis of the extrasporal matrix identifies F-ENA as a widespread family of endospore appendages across the Firmicutes phylum.
著者: Mike Sleutel / Adrià Sogues / Nani Van Gerven / Unni Lise Jonsmoen / Inge Van Molle / Marcus Fislage / Laurent Dirk Theunissen / Nathan F Bellis / Diana P Baquero / Edward H Egelman / Mart ...著者: Mike Sleutel / Adrià Sogues / Nani Van Gerven / Unni Lise Jonsmoen / Inge Van Molle / Marcus Fislage / Laurent Dirk Theunissen / Nathan F Bellis / Diana P Baquero / Edward H Egelman / Mart Krupovic / Fengbin Wang / Marina Aspholm / Han Remaut /
要旨: For over 100 years, (Bt) has been used as an agricultural biopesticide to control pests caused by insect species in the orders of Lepidoptera, Diptera and Coleoptera. Under nutrient starvation, Bt ...For over 100 years, (Bt) has been used as an agricultural biopesticide to control pests caused by insect species in the orders of Lepidoptera, Diptera and Coleoptera. Under nutrient starvation, Bt cells differentiate into spores and associated toxin crystals that can adopt biofilm-like aggregates. We reveal that such Bt spore/toxin biofilms are embedded in a fibrous extrasporal matrix (ESM), and using cryoID, we resolved the structure and molecular identity of an uncharacterized type of pili, referred to here as Fibrillar ENdospore Appendages or 'F-ENA'. F-ENA are monomolecular protein polymers tethered to the exosporium of Bt and are decorated with a flexible tip fibrillum. Phylogenetic analysis reveals that F-ENA is widespread not only in the class Bacilli, but also in the class Clostridia, and the cryoEM structures of F-ENA filaments from and reveal subunits with a generic head-neck domain structure, where the β-barrel neck of variable length latch onto a preceding head domain through short N-terminal hook peptides. In , two collagen-like proteins (CLP) respectively tether F-ENA to the exosporium (F-Anchor), or constitute the tip fibrillum at the distal terminus of F-ENA (F-BclA). Sedimentation assays point towards F-ENA involvement in spore-spore clustering, likely mediated via F-BclA contacts and F-ENA bundling through the antiparallel interlocking of the head-neck units.
履歴
登録2025年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DUF4183 domain-containing protein
F: DUF4183 domain-containing protein
G: DUF4183 domain-containing protein
H: DUF4183 domain-containing protein
I: DUF4183 domain-containing protein
J: DUF4183 domain-containing protein
K: DUF4183 domain-containing protein
L: DUF4183 domain-containing protein
M: DUF4183 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,8109
ポリマ－120,8109
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
DUF4183 domain-containing protein


分子量: 13423.285 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cohnella sp. OV330 (バクテリア) / 遺伝子: SAMN05216312_11547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I1C8X4
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Recombinant F-ENA-2 fibers / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Cohnella sp. OV330 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 67.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 95.25 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 286873 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 4.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038595
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60311889
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.891260
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471593
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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