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- PDB-9i5f: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A (GAPDHA) NAD holoenzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i5f
タイトルGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase A (GAPDHA) NAD holoenzyme, from Helicobacter pylori
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Holoenzyme / glycolysis / gluconeogenesis / carbohydrate metabolism / Rossmann fold / Helicobacter pylori / nucleotide binding domain / nicotinamide adenine dinucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENATE / ETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.162 Å
データ登録者Foster, S.P. / Moody, P.C.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenae A (GAPDHA) NAD holoenzyme, from Helicobacter pylori
著者: Foster, S.P. / Moody, P.C.E.
履歴
登録2025年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,30710
ポリマ－36,1011
非ポリマー1,2069
水5,729318
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,22740
ポリマ－144,4054
非ポリマー4,82236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area25970 Å2
ΔGint-431 kcal/mol
Surface area42260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.936, 94.866, 95.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

21A-777-

HOH

31A-799-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (Gap)


分子量: 36101.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: HP_1346 / プラスミド: pETE151/D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: O25902

-
非ポリマー , 6種, 327分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-ART / ARSENATE


分子量: 138.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM sodium citrate tribasic 20% PEG 3350 (w/v) solution was mixed 4:1:1 or 3:2:1 (protein: reservoir: seeds) in 300nl drops.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→67.37 Å / Num. obs: 82091 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.16→1.31 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4105 / CC1/2: 0.833 / Rrim(I) all: 1.703 / % possible all: 62.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.162→67.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.95 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1637 4194 5.109 %
Rwork0.1364 77895 -
all0.138 --
obs-82089 61.302 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.238 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.003 Å2-0 Å20 Å2
2--2.154 Å2-0 Å2
3----0.151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.162→67.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 70 318 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0122766
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0162678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9891.8083787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8431.7636191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1225362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.62515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.07151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37610494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.60210113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.22459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.21529
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1270.234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.150.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.130.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5571.1831364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.521.1831364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1952.1351716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.2022.1371717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9461.4651402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7271.4531391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.3272.5742056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1782.5462039
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.10715.6553044
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.85813.3842977
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.9535444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.162-1.1920.309270.227390X-RAY DIFFRACTION4.2258
1.192-1.2250.211300.224630X-RAY DIFFRACTION6.9444
1.225-1.260.269440.224979X-RAY DIFFRACTION10.9611
1.26-1.2990.273960.2321485X-RAY DIFFRACTION17.4542
1.299-1.3420.231480.2162446X-RAY DIFFRACTION29.6017
1.342-1.3890.2182020.2093754X-RAY DIFFRACTION46.4756
1.389-1.4410.2392690.1974915X-RAY DIFFRACTION63.3896
1.441-1.50.2073080.185483X-RAY DIFFRACTION73.1095
1.5-1.5670.1773130.1576108X-RAY DIFFRACTION84.2762
1.567-1.6430.1733220.1436308X-RAY DIFFRACTION91.7647
1.643-1.7320.1733560.1326506X-RAY DIFFRACTION99.0331
1.732-1.8370.1523130.1236233X-RAY DIFFRACTION100
1.837-1.9640.1433170.1225841X-RAY DIFFRACTION99.9838
1.964-2.1210.1513090.1175406X-RAY DIFFRACTION99.4951
2.121-2.3230.1392790.1095046X-RAY DIFFRACTION100
2.323-2.5970.1552530.1144551X-RAY DIFFRACTION100
2.597-2.9980.1632380.1264037X-RAY DIFFRACTION100
2.998-3.670.1871570.1293473X-RAY DIFFRACTION100
3.67-5.1820.1271580.1272698X-RAY DIFFRACTION100
5.182-67.370.213550.2061606X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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