PDB-9i5b: Crystal structure of perlecan region 3 mutant (P1019L) construct ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i5b

タイトル

Crystal structure of perlecan region 3 mutant (P1019L) construct I876-V1272 including one laminin IV-like and four laminin EGF-like domains.

要素

Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Basement membrane proteins / perlecan / laminin IV-like / laminin EGF-like domains

機能・相同性

機能・相同性情報

embryonic skeletal system morphogenesis / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / endochondral ossification / cardiac muscle tissue development / basement membrane / chondrocyte differentiation / extracellular matrix organization / extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis / brain development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.R.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: Matrix Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights on perlecan and Schwartz-Jampel syndrome.
著者: Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.W.

履歴

登録	2025年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i5b.cif.gz	326.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i5b.ent.gz	220.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i5b_validation.pdf.gz	929.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i5b_full_validation.pdf.gz	926.7 KB	表示
XML形式データ	9i5b_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	9i5b_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/9i5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/9i5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i5aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (7) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (4) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (4)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (7)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (4)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (4)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#17 - 2001年5月
シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

B: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

ヘテロ分子

85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Absolute molecular weight obtained with SEC-MALS corresponded monomeric protein.
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Absolute molecular weight obtained with SEC-MALS corresponded monomeric protein.
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.65, 74.968, 81.368
Angle α, β, γ (deg.)	75.235, 73.124, 80.112
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 876 - 1156 / Label seq-ID: 1 - 281

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein / HSPG 分子量: 42672.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Single point mutation at P1019L / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hspg2 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05793
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID 分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.56 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.85M succinic acid, pH 7 / PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→47.67 Å / Num. obs: 41874 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.52→2.58 Å / Num. unique obs: 3056 / CC_1/2: 0.645

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.52→47.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 19.223 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	1993	4.777 %
R_work	0.1883	39729	-
all	0.19	-	-
obs	-	41722	98.545 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.371 Å²	1.5 Å²	0.306 Å²
2-	-	-1.314 Å²	-2.903 Å²
3-	-	-	3.458 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5063	0	16	232	5311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.87	1.805	7145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.82	5	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.725	5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.386	10	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.258	10	247
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.251	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.073	3.31	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.888	5.944	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.578	3.609	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.035	6.464	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.07	37.978	7731
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	8459

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08862	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08862	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.52-2.585	0.334	146	0.334	2921	0.334	3112	0.922	0.916	98.554	0.306
2.585-2.656	0.277	141	0.325	2819	0.323	3018	0.942	0.923	98.0782	0.292
2.656-2.733	0.363	141	0.315	2794	0.317	2995	0.899	0.92	97.9967	0.278
2.733-2.816	0.333	135	0.278	2698	0.281	2869	0.928	0.946	98.7452	0.241
2.816-2.908	0.326	131	0.259	2616	0.262	2783	0.926	0.955	98.7064	0.223
2.908-3.01	0.272	129	0.225	2570	0.227	2730	0.947	0.966	98.8645	0.194
3.01-3.123	0.271	122	0.214	2432	0.217	2580	0.955	0.97	98.9922	0.185
3.123-3.25	0.223	119	0.196	2378	0.197	2521	0.966	0.976	99.048	0.172
3.25-3.394	0.208	115	0.19	2282	0.191	2414	0.972	0.979	99.2958	0.171
3.394-3.559	0.202	107	0.172	2147	0.173	2283	0.975	0.983	98.7297	0.156
3.559-3.75	0.177	104	0.155	2050	0.156	2181	0.979	0.986	98.762	0.143
3.75-3.976	0.196	96	0.153	1916	0.155	2053	0.976	0.986	98.0029	0.145
3.976-4.249	0.168	91	0.123	1830	0.125	1941	0.984	0.991	98.9696	0.12
4.249-4.586	0.154	86	0.113	1709	0.115	1822	0.986	0.992	98.5181	0.112
4.586-5.019	0.142	80	0.113	1581	0.115	1679	0.987	0.992	98.9279	0.118
5.019-5.604	0.176	69	0.15	1406	0.151	1492	0.982	0.987	98.8606	0.155
5.604-6.456	0.208	64	0.179	1263	0.181	1336	0.978	0.984	99.3263	0.18
6.456-7.871	0.199	54	0.171	1066	0.172	1133	0.975	0.983	98.8526	0.179
7.871-10.982	0.234	41	0.175	822	0.178	875	0.973	0.981	98.6286	0.192
10.982-47.67	0.288	21	0.326	422	0.324	508	0.939	0.931	87.2047	0.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4625	-0.0736	-0.1145	0.2527	0.0843	1.4781	0.0055	0.2118	0.105	-0.1154	-0.0549	0.0132	0.1389	-0.1677	0.0494	0.1451	0.0062	-0.0322	0.1297	-0.0379	0.3025	-22.9557	-7.8634	-35.1782
2	4.219	0.3253	0.3667	1.2741	0.3159	1.0917	0.0307	0.0858	-0.1476	-0.1262	-0.0047	-0.064	0.0429	0.083	-0.0261	0.1242	0.0126	0.0373	0.0092	-0.0168	0.2898	-23.1405	-38.8115	-22.1769

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	876 - 1301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	876 - 1301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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