PDB-9i5a: Crystal structure of wild type perlecan region 3 construct I876-V...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i5a

タイトル

Crystal structure of wild type perlecan region 3 construct I876-V1272 construct including one laminin IV-like and four laminin EGF-like domains.

要素

Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Basement membrane proteins / perlecan / laminin IV-like / laminin EGF-like domains

機能・相同性

機能・相同性情報

embryonic skeletal system morphogenesis / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / endochondral ossification / cardiac muscle tissue development / basement membrane / chondrocyte differentiation / extracellular matrix organization / extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis / brain development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.045 Å

データ登録者

Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.R.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: Matrix Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights on perlecan and Schwartz-Jampel syndrome.
著者: Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.W.

履歴

登録	2025年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i5a.cif.gz	659.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i5a.ent.gz	457.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i5a_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i5a_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9i5a_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	9i5a_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/9i5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/9i5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i5bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (7) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (4) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (4)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (7)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (4)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (4)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#17 - 2001年5月
シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

B: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

ヘテロ分子

86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Absolute molecular weight obtained with SEC-MALS corresponded monomeric protein.
43.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Absolute molecular weight obtained with SEC-MALS corresponded monomeric protein.
43.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.637, 74.612, 78.769
Angle α, β, γ (deg.)	74.384, 74.084, 79.729
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	A	A	876 - 1240	1 - 365
2	CYS	CYS	B	B	876 - 1246	1 - 371

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein / HSPG 分子量: 42656.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hspg2 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05793
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.34 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.85M succinic acid, pH 7 / PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→47.32 Å / Num. obs: 75120 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.04→2.1 Å / Num. unique obs: 5453 / CC_1/2: 0.669

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.045→46.244 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 9.395 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	2000	2.662 %
R_work	0.1777	73118	-
all	0.178	-	-
obs	-	75118	98.343 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.621 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.89 Å²	0.819 Å²	1.058 Å²
2-	-	-1 Å²	-2.239 Å²
3-	-	-	3.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.045→46.244 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5635	0	58	450	6143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.806	8013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.568	1.744	11792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.349	5	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.555	5	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.807	10	867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.751	10	279
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	4899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.096	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.009	3.596	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.008	3.596	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.62	6.445	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.619	6.446	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.092	4.005	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.091	4.006	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.317	7.196	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.316	7.196	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.337	38.345	6443
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.313	37.754	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	10509

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10518	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10518	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.045-2.098	0.347	145	0.302	5306	0.303	5663	0.899	0.916	96.2564	0.278
2.098-2.155	0.27	143	0.273	5254	0.273	5499	0.936	0.932	98.1451	0.244
2.155-2.218	0.279	141	0.262	5120	0.262	5357	0.932	0.94	98.2079	0.23
2.218-2.286	0.246	135	0.241	4941	0.241	5182	0.954	0.952	97.9545	0.207
2.286-2.36	0.215	130	0.22	4788	0.22	4997	0.971	0.962	98.4191	0.184
2.36-2.443	0.229	130	0.212	4704	0.212	4904	0.96	0.966	98.5726	0.178
2.443-2.535	0.236	123	0.184	4523	0.185	4708	0.968	0.975	98.6831	0.152
2.535-2.638	0.236	119	0.17	4329	0.172	4502	0.966	0.98	98.8005	0.145
2.638-2.755	0.213	114	0.172	4181	0.173	4351	0.971	0.981	98.7129	0.148
2.755-2.889	0.209	109	0.159	3988	0.161	4141	0.974	0.983	98.9375	0.141
2.889-3.045	0.202	104	0.159	3801	0.16	3953	0.977	0.984	98.7857	0.146
3.045-3.228	0.19	99	0.157	3603	0.158	3741	0.983	0.986	98.9575	0.148
3.228-3.45	0.187	91	0.158	3345	0.158	3475	0.981	0.987	98.8777	0.152
3.45-3.725	0.194	86	0.147	3161	0.148	3290	0.976	0.988	98.693	0.148
3.725-4.078	0.167	79	0.142	2879	0.142	3000	0.984	0.988	98.6	0.147
4.078-4.555	0.166	71	0.132	2596	0.133	2709	0.981	0.989	98.4496	0.143
4.555-5.251	0.177	64	0.146	2323	0.147	2416	0.981	0.988	98.7997	0.163
5.251-6.41	0.228	53	0.195	1950	0.196	2021	0.97	0.981	99.1094	0.212
6.41-8.979	0.21	42	0.189	1505	0.19	1563	0.977	0.98	98.9763	0.213
8.979-46.244	0.241	22	0.247	821	0.247	906	0.964	0.956	93.0464	0.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6692	-0.0756	-0.1352	0.5977	0.2382	1.3954	-0.0026	0.206	0.0469	-0.1335	-0.0526	0.0139	0.0831	-0.1219	0.0552	0.0442	-0.0014	0.0002	0.069	0.0195	0.1939	-22.2946	-7.9334	-34.6696
2	3.7284	0.2467	0.0584	1.9593	0.3461	0.7699	0.0055	0.4568	-0.0968	-0.4292	-0.0055	-0.0986	-0.0189	0.0854	-0	0.0996	0.015	0.0199	0.0697	0.0171	0.2162	-21.185	-39.5299	-28.7409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	876 - 1305
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	876 - 1254

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)