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万見
- PDB-9i57: Crystal structure of DNPH1 bound by compound 39. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i57
タイトルCrystal structure of DNPH1 bound by compound 39.
要素5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase
キーワードHYDROLASE / DNPH1 / inhibitor / small molecule / drug discovery / DDR / DNA damage response
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleotide catabolic process / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth ...purine nucleotide catabolic process / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-deoxynucleoside 5-phosphate N-hydrolase 1, DNPH1 / : / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.217 Å
データ登録者Collie, G.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery and Optimization of a Non-Nucleoside-Based Series of Inhibitors of 2'-Deoxynucleoside 5'-Monophosphate Glycosidase (DNPH1).
著者: Barlaam, B. / Alonso-Crisostomo, L. / Anderson, N.A. / Argyrou, A. / Astles, P.C. / Cadogan, E.B. / Carlino, L. / Collie, G.W. / Davies, N.L. / Hall, J. / Kitching, L. / Li, X. / Michopoulos, ...著者: Barlaam, B. / Alonso-Crisostomo, L. / Anderson, N.A. / Argyrou, A. / Astles, P.C. / Cadogan, E.B. / Carlino, L. / Collie, G.W. / Davies, N.L. / Hall, J. / Kitching, L. / Li, X. / Michopoulos, F. / Milbradt, A.G. / Nikkila, J. / Northall, S. / O'Connor, M.J. / Pei, X. / Shaw, J. / Slade, D. / Southgate, H. / Stead, D. / Stubbs, C.J. / Whitehurst, B.C. / Xing, B. / Yuan, Y. / Zhou, J.
履歴
登録2025年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase
B: 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4766
ポリマ－34,3492
非ポリマー1,1274
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.134, 39.877, 48.418
Angle α, β, γ (deg.)91.78, 100.11, 114.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase / 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 / c-Myc-responsive protein RCL


分子量: 17174.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNPH1, C6orf108, RCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O43598, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-A1IZW / 3-(3-methoxyphenyl)-4-[[4-[[(3~{S})-1-pyridazin-3-ylpyrrolidin-3-yl]amino]quinazolin-2-yl]amino]benzoic acid


分子量: 533.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H27N7O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25 % PEG3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.217→35.94 Å / Num. obs: 39210 / % possible obs: 75.4 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.22→1.38 Å / Num. unique obs: 1937 / CC1/2: 0.283

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.217→17.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.083 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.083
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 1887 -RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.1819 39190 53 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0722 Å20.3872 Å20.2797 Å2
2---0.0627 Å2-0.3939 Å2
3---0.1349 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.217→17.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 82 228 2470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0132289HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.193102HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d777SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes398HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2289HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion274SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2396SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.03
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.32 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1741 31 -
Rwork0.232 --
obs0.2296 784 4.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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