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- PDB-9i4v: Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9i4v
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13
要素SARS-CoV-2 helicase NSP13
キーワードHYDROLASE / NSP13 / Helicase / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / snRNP Assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / G-quadruplex RNA binding / mRNA guanylyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / DNA helicase / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lyase activity / single-stranded RNA binding / viral protein processing / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Coronavirus Nsp6 transmembrane protein profile. / Coronavirus Nsp4 ectodomain (4Ecto) profile. / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / : / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / : / : / Coronavirus Nsp3 ectodomain (3Ecto) profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Kloskowski, P. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Myricetin-bound crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13 facilitates the discovery of novel natural inhibitors.
著者: Kloskowski, P. / Neumann, P. / Kumar, P. / Berndt, A. / Dobbelstein, M. / Ficner, R.
履歴
登録2025年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARS-CoV-2 helicase NSP13
B: SARS-CoV-2 helicase NSP13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,48814
ポリマ－134,2982
非ポリマー1,19112
水1,856103
1
A: SARS-CoV-2 helicase NSP13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7447
ポリマ－67,1491
非ポリマー5956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SARS-CoV-2 helicase NSP13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7447
ポリマ－67,1491
非ポリマー5956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.305, 70.687, 86.225
Angle α, β, γ (deg.)103.70, 95.24, 112.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 SARS-CoV-2 helicase NSP13 / pp1ab / ORF1ab polyprotein / SARS-CoV-2 helicase NSP13


分子量: 67148.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, ...参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, RNA-directed RNA polymerase, DNA helicase, RNA helicase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16 % Ethylene Glycol, 8 % PEG 8000, 0.05 M Na HEPES, 0.05 M MOPS, 0.03 M Sodium nitrate, 0.03 M Sodium phosphate dibasic, 0.03 M Ammonium sulfate, 9 % MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.325→82.07 Å / Num. obs: 49334 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 49.54 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.325→2.365 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2573 / CC1/2: 0.901 / Rpim(I) all: 0.253 / Rrim(I) all: 0.504 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
autoPROC1.1.7データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
REFMAC5.8.0425位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.33→45.6 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 2509 5.09 %
Rwork0.2133 --
obs0.2154 49319 92.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8898 0 52 103 9053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91412480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.583269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.370.35591410.30362707X-RAY DIFFRACTION95
2.37-2.420.32491470.28192595X-RAY DIFFRACTION94
2.42-2.470.32641330.26722677X-RAY DIFFRACTION94
2.47-2.530.34831320.26722635X-RAY DIFFRACTION94
2.53-2.590.30971370.26832611X-RAY DIFFRACTION94
2.59-2.660.34241240.25212592X-RAY DIFFRACTION93
2.66-2.740.30891290.24812603X-RAY DIFFRACTION93
2.74-2.830.3231500.24082614X-RAY DIFFRACTION92
2.83-2.930.28791500.23222480X-RAY DIFFRACTION90
2.93-3.050.27151390.23872391X-RAY DIFFRACTION85
3.05-3.180.29781290.25372429X-RAY DIFFRACTION87
3.19-3.350.28931450.24042693X-RAY DIFFRACTION96
3.35-3.560.30121350.20892685X-RAY DIFFRACTION96
3.56-3.840.24881420.2092698X-RAY DIFFRACTION96
3.84-4.220.221520.19472667X-RAY DIFFRACTION95
4.22-4.830.20011390.17452626X-RAY DIFFRACTION94
4.84-6.090.23661480.20032371X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2831-1.29160.39128.66311.75964.33370.14750.541-0.0675-0.79690.0416-0.84160.16370.6725-0.16840.5570.09040.1030.47590.04350.55920.1181-7.9886-43.1323
23.49863.97712.39784.93590.71055.83330.14640.032-0.47840.2214-0.2037-0.1350.60990.02840.07570.42360.08580.05430.2722-0.01810.4476-11.38666.7326-29.9594
34.9979-1.19310.29253.77780.37343.8843-0.1546-0.39090.30630.34310.09850.5235-1.0434-0.3451-0.01120.7971-0.04060.06920.622-0.08270.7442-37.357614.8237-41.2208
46.46461.0241-0.40073.36543.40578.05920.00530.53632.3134-0.73790.54650.2965-2.9408-0.5407-0.5051.17780.04460.13420.70620.14381.0128-39.090420.2255-43.704
5-0.4615-0.2964-0.22823.5311.7532.64810.03770.0094-0.1855-0.1220.0805-0.1249-0.04760.1033-0.04230.32270.1005-0.00040.37940.03240.6199-1.306929.9649-30.9434
63.21991.24451.08935.345-0.83215.55510.0870.25480.2224-0.1716-0.06540.278-0.4025-0.1463-0.03150.25140.07610.03560.27750.00710.3826-9.440939.4158-28.6182
70.88790.708-0.41374.9294-0.04262.41750.13610.2373-0.1094-0.249-0.13620.20220.0497-0.2103-0.01070.25730.08230.00630.3658-0.02030.4429-10.725727.2514-29.2529
86.6242.19820.82852.19090.53011.67510.005-0.19-0.14120.1837-0.02820.1579-0.0339-0.0860.02140.33770.06540.08110.25240.06350.3301-32.706527.4654-11.6848
91.27411.73121.34218.19826.47727.75410.4645-0.0389-0.58940.56710.5831-1.62391.00570.7234-1.04890.9549-0.0353-0.19650.541-0.10910.87172.987857.8579-56.4548
104.5527-1.69830.28088.77741.21948.13260.1123-0.43370.06481.78050.204-0.7095-0.1936-0.0146-0.4121.1082-0.0753-0.15120.36470.04830.5684-7.701641.8081-69.3506
114.47716.03450.74059.71972.08871.0510.90380.06562.32960.2504-0.60313.1477-0.1155-0.4212-0.23371.29110.06910.4611.04710.09561.8503-36.65935.7172-67.2761
126.0604-2.2057-4.17842.15843.37715.26160.2160.667-1.14162.4046-0.93680.20050.2924-0.91790.78281.8893-0.37050.26620.9222-0.08541.4906-33.038129.7667-63.5708
132.0442-4.15574.94358.9351-6.07865.13582.4326-0.55181.0660.0471-0.50012.0959-0.3142-0.7569-1.98541.6327-0.0590.46951.22380.1421.4641-38.668130.6881-62.0903
141.30140.88310.53695.26220.23110.1036-0.055-0.6682-0.73511.68990.042-1.1920.07480.08440.00521.5006-0.036-0.51150.89920.22881.10550.479918.8234-63.1343
151.41420.0851.26359.08250.8654.24030.0916-0.3259-0.24082.89950.062-1.29670.7166-0.0844-0.09461.28940.0153-0.31250.43770.07390.6865-7.835916.3775-67.7681
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3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 151 through 203 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 208 through 226 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 227 through 259 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 260 through 336 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 340 through 441 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 442 through 593 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 94 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 103 through 150 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 153 through 185 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 194 through 202 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 207 through 226 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 227 through 259 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 260 through 441 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 442 through 592 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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