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万見
- PDB-9i4h: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with manganese and 3-Hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i4h
タイトルFactor Inhibiting HIF (FIH) in complex with manganese and 3-Hydroxy-5-(3-(4-(hydroxymethyl)-3-nitrophenyl)isoxazol-5-yl)picolinoyl)glycine
要素Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF (FIH)
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / Notch binding / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kaur, S. / Zhang, X.J. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 中国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L009846/1 英国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No. 82322062 (Medicinal chemistry) 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Light-Induced, Lysine-Targeting Irreversible Covalent Inhibition of the Human Oxygen Sensing Hydroxylase Factor Inhibiting HIF (FIH).
著者: Wu, Y. / Li, Z. / Kaur, S. / Zhang, Z. / Yue, J. / Tumber, A. / Zhang, H. / Song, Z. / Yang, P. / Dong, Y. / Yang, F. / Li, X. / Schofield, C.J. / Zhang, X.
履歴
登録2025年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8853
ポリマ－40,4151
非ポリマー4692
水1,18966
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7696
ポリマ－80,8312
非ポリマー9394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)86.028, 86.028, 147.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-535-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 40415.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The residues missing are unstructured / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-A1IZ5 / 2-[[5-[3-[4-(hydroxymethyl)-3-nitro-phenyl]-1,2-oxazol-5-yl]-3-oxidanyl-pyridin-2-yl]carbonylamino]ethanoic acid


分子量: 414.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14N4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus C5 0.09 M NPS 0.1 M Buffer System 2 7.5 30 % v/v Precipitant Mix 2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→60.84 Å / Num. obs: 25421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.3 % / Biso Wilson estimate: 61.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 2.084 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2433 / CC1/2: 0.784 / Rpim(I) all: 0.413 / Rrim(I) all: 2.125 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→60.83 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1213 4.79 %
Rwork0.2034 --
obs0.2041 25333 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→60.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2766 0 31 66 2863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6271092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.28071390.26672603X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.50.27571170.24482635X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.630.32651520.23812615X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.25071290.25062645X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.010.30281250.27212652X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.320.25551440.24852665X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.21271410.21672682X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.17341360.1652727X-RAY DIFFRACTION100
4.78-60.830.19471300.17712896X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.0017 Å / Origin y: 21.783 Å / Origin z: -8.8133 Å
111213212223313233
T0.3959 Å2-0.0066 Å2-0.0462 Å2-0.5292 Å2-0.0741 Å2--0.4986 Å2
L2.8573 °2-1.2967 °2-1.7756 °2-1.2407 °20.8246 °2--1.6652 °2
S0.0009 Å °-0.0594 Å °-0.1125 Å °0.1949 Å °0.0122 Å °-0.0592 Å °0.1272 Å °0.2133 Å °-0.0133 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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