PDB-9i4e: Structure of anti-EV71 human monoclonal antibody 34-1-6D Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i4e

タイトル

Structure of anti-EV71 human monoclonal antibody 34-1-6D Fab

要素

heavy chain
light chain

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / EV71 / antibody / 34-1-6D / Fab

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fine antigenic mapping of human enterovirus 71 from structures of cognate complexes for a panel of 12 patient derived monoclonal antibodies
著者: Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2025年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i4e.cif.gz	374.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i4e.ent.gz	307.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/9i4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/9i4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i3wC 9i3xC 9i3zC 9i40C 9i41C 9i42C 9i43C 9i45C 9i4bC 9i4cC 9i4dC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: light chain

H: heavy chain

B: light chain

A: heavy chain

ヘテロ分子

96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: light chain

H: heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: light chain

A: heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.164, 55.981, 75.399
Angle α, β, γ (deg.)	86.69, 86.39, 67.06
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	light chain 分子量: 23228.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	heavy chain 分子量: 24685.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% (w/v) PEG 3000, 0.1 M CHES, pH 9.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→75.2 Å / Num. obs: 98557 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.63→1.672 Å / Num. unique obs: 4808 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→75.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 7.637 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20884	4593	4.7 %	RANDOM
R_work	0.15837	-	-	-
obs	0.16077	93499	96.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.68 Å²	0.64 Å²	-0.12 Å²
2-	-	1.51 Å²	0.83 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.63→75.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6518	0	32	674	7224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.802	9338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.486	1.726	14631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.937	5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.778	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.793	10	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.18	3.66	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.178	3.66	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.857	6.584	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.857	6.584	4396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.783	3.989	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.782	3.989	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.039	7.168	4915
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.222	41.44	7164
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	19.606	40	6984
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.034	3	13130
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	309	-
R_work	0.338	6737	-
obs	-	-	93.61 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)