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- PDB-9i4b: Structure of anti-EV71 human monoclonal antibody 17-2-12A Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i4b
タイトルStructure of anti-EV71 human monoclonal antibody 17-2-12A Fab
要素
  • heavy chain
  • light chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / EV71 / antibody / 17-2-12A / Fab
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fine antigenic mapping of human enterovirus 71 from structures of cognate complexes for a panel of 12 patient derived monoclonal antibodies
著者: Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
履歴
登録2025年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: heavy chain
L: light chain
A: heavy chain
B: light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9306
ポリマ－96,7464
非ポリマー1842
水2,000111
1
H: heavy chain
L: light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4653
ポリマ－48,3732
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: heavy chain
B: light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4653
ポリマ－48,3732
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.833, 72.626, 87.781
Angle α, β, γ (deg.)104.380, 93.150, 96.560
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 61 or resid 63...
d_2ens_1(chain "H" and (resid 2 through 61 or resid 63...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 97 or resid 99...
d_2ens_2(chain "L" and (resid 1 through 97 or resid 99...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALVALTHRTHRAC2 - 612 - 61
d_12ens_1SERSERALAALAAC63 - 8863 - 88
d_13ens_1ASPASPALAALAAC90 - 10290 - 102
d_14ens_1ARGARGSERSERAC104 - 199104 - 199
d_15ens_1GLYGLYLYSLYSAC201 - 220201 - 220
d_16ens_1VALVALLYSLYSAC222 - 225222 - 225
d_21ens_1VALVALTHRTHRHA2 - 612 - 61
d_22ens_1SERSERALAALAHA63 - 8863 - 88
d_23ens_1ASPASPALAALAHA90 - 10290 - 102
d_24ens_1ARGARGSERSERHA104 - 199104 - 199
d_25ens_1GLYGLYLYSLYSHA201 - 220201 - 220
d_26ens_1VALVALLYSLYSHA222 - 225222 - 225
d_11ens_2GLNGLNSERSERBD1 - 971 - 97
d_12ens_2LEULEUPROPROBD99 - 11499 - 114
d_13ens_2ALAALAASNASNBD116 - 133116 - 133
d_14ens_2ALAALAPROPROBD135 - 187135 - 187
d_15ens_2GLNGLNHISHISBD189 - 193189 - 193
d_16ens_2SERSERPROPROBD195 - 213195 - 213
d_21ens_2GLNGLNSERSERLB1 - 971 - 97
d_22ens_2LEULEUPROPROLB99 - 11499 - 114
d_23ens_2ALAALAASNASNLB116 - 133116 - 133
d_24ens_2ALAALAPROPROLB135 - 187135 - 187
d_25ens_2GLNGLNHISHISLB189 - 193189 - 193
d_26ens_2SERSERPROPROLB195 - 213195 - 213

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.908845324551, -0.384506398765, -0.161725091904), (-0.397820840197, 0.682367835618, 0.613280291562), (-0.125454195414, 0.621714537568, -0.773131475643)2.38066896018, 15.3089850528, -39.1654211524
2given(-0.905519048691, -0.400220684484, -0.140920744282), (-0.39822032952, 0.686955564733, 0.60787549814), (-0.146478058476, 0.606560348023, -0.781427362326)4.0881313462, 15.2338581714, -39.1351031349

-
要素

#1: 抗体 heavy chain


分子量: 25209.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 light chain


分子量: 23163.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M di-ammonium hydrogen citrate or 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M citrate, pH 3.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→48.12 Å / Num. obs: 27165 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 46.39 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / Num. unique obs: 1277 / CC1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→48.12 Å / SU ML: 0.4579 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.9098
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 1313 4.85 %
Rwork0.2078 25781 -
obs0.2099 27094 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6507 0 12 111 6630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00276683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60059124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0822338
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2ELX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.975183071112
ens_2d_2CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.903137451366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.83X-RAY DIFFRACTION
2.83-2.910.32231520.30122929X-RAY DIFFRACTION99.68
2.91-3.060.31911690.27262806X-RAY DIFFRACTION99.83
3.06-3.250.32941530.25362878X-RAY DIFFRACTION99.74
3.25-3.510.28311120.2262930X-RAY DIFFRACTION99.87
3.51-3.860.2611390.19282867X-RAY DIFFRACTION99.97
3.86-4.420.2131490.1722896X-RAY DIFFRACTION99.93
4.42-5.560.18621690.15432857X-RAY DIFFRACTION99.8
5.56-48.120.21851290.19022894X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.349428906830.154712612437-0.6737681893761.545489199631.122918481941.87002795172-0.1465173242380.485754371061-0.0353110425926-0.242149165183-0.06109268697460.322360723755-0.0130406854786-0.730315017722-0.007612706812450.4429809540360.0782765282587-0.06040879818010.4911415663250.07265768824470.467633173734-25.292535116241.334275214-42.3605591431
22.477106853510.3057933634480.3399594472831.655971313180.4436253542863.5371832902-0.1136665782860.2277587873980.300256060454-0.1430788020350.06950021844070.125807841644-0.525889237930.0526897023520.07192974534940.5085299871550.0488418033651-0.1050823296420.436463070880.1496583430750.399631089474-15.52159863246.243058745-40.8129206717
34.93448338535-4.23786722493-2.716656923386.844663338974.079246926354.98374508927-0.5731083738670.271079243631-0.03371017567330.464905540220.01338883040730.3765985048130.18339145726-0.3192517573190.3356054240780.342670357190.0198962882259-0.06808317923480.493427426580.09412397493730.291994054162-18.046387941937.5427672061-39.6380750637
44.36770037095-1.0756096210.3767305144384.02870489944-0.641339155874.315414019960.2259764839910.52646360125-0.549196963056-0.220920673272-0.1799973494760.04624992055890.9509479730840.241473338118-0.04500170418260.5531668071990.0152630520779-0.01253469672510.426857074542-0.1283861281980.5021311822932.5715345601811.3967925776-42.0568473255
54.11487714232-0.5295583427150.3527477855493.63814059235-0.05328698712034.47971353417-0.05808543024890.484904031978-0.5794165986140.750408976276-0.2841795161530.3286510933390.257490417878-0.323299456275-0.04059932183110.41648206498-0.06436935255320.0182697878160.428550583844-0.08601830475920.372150911051-4.0339769321313.9562601493-43.3360634644
62.06817634073-0.157423429411-1.550556086564.254726292591.103655223371.366458193950.2932690362280.566610516888-0.791247734103-0.674974327123-0.1905637848240.4292254941011.59179827083-0.3822528290360.2478292252651.258583820730.175012837382-0.1697522284370.431499501636-0.2729020204270.6657859219813.391661495594.4263652241-46.9400327537
71.76321210215-0.0513351085025-0.7247228164682.747279348590.5205587809745.77868083327-0.143825827982-0.1089905407350.209640058465-0.08619118936730.3172207169160.0378940469415-0.710144185897-0.412353650067-0.1796463202240.6506689965430.0110411680386-0.1483598215840.3631268595770.04201418303040.3754833478410.5892988056536.15039424641.56804061364
81.45636907831-0.649598362753-0.2782144727882.267779672382.395156578852.91108793419-0.201204181256-0.3944230155650.659358593908-0.1400523789870.051316765955-0.410333852824-1.77808680083-0.463009751118-0.08154482495291.199093770670.150543803131-0.2083718989340.630360991841-0.01235144041090.501819721539-0.13276952370639.445160278511.1812726021
91.24183302566-1.329738436070.5117613049371.82536586167-0.8017099498211.63726883225-0.0625080368616-0.443680255591-0.2023713343080.1078334861380.2931086049910.410574131277-0.163715277578-0.473234133988-0.2093919934640.433735454552-0.00909426306163-0.05196657393460.5326143127260.1411363168610.413777659148-5.3168122112510.2943829156-0.984074104691
102.641995201330.00876336281358-0.577241474847.80838376564-1.636289026853.76710340087-0.0850112148853-0.4264302808670.1013245939780.274068939152-0.19654292643-0.753861050248-0.2957581587930.4406117639540.1320319618230.212218171817-0.0572770406992-0.04056383108470.591701409996-0.05894819725780.29394666620316.479895529727.56454518922.4604729035
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122.5746396252.00037497827-1.485588997598.88322186915-3.468720841351.64123220183-0.347981391498-0.9002490109460.454308162028-0.315938766982-0.320854504552-1.37534466998-0.4229728858910.681489536037-0.07238524952680.898257252278-0.191161034723-0.1609746635450.34753808747-0.1317625249740.42239214987312.897080804338.460541134612.7114788196
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1 through 30 )BF1 - 301 - 30
22chain 'B' and (resid 31 through 91 )BF31 - 9131 - 91
33chain 'B' and (resid 92 through 118 )BF92 - 11892 - 118
44chain 'B' and (resid 119 through 155 )BF119 - 155119 - 155
55chain 'B' and (resid 156 through 185 )BF156 - 185156 - 185
66chain 'B' and (resid 186 through 213 )BF186 - 213186 - 213
77chain 'H' and (resid 1 through 91 )HA1 - 911 - 91
88chain 'H' and (resid 92 through 106 )HA92 - 10692 - 106
99chain 'H' and (resid 107 through 225 )HA107 - 225107 - 219
1010chain 'L' and (resid 1 through 30 )LB1 - 301 - 30
1111chain 'L' and (resid 31 through 91 )LB31 - 9131 - 91
1212chain 'L' and (resid 92 through 105 )LB92 - 10592 - 105
1313chain 'L' and (resid 106 through 118 )LB106 - 118106 - 118
1414chain 'L' and (resid 119 through 134 )LB119 - 134119 - 134
1515chain 'L' and (resid 135 through 185 )LB135 - 185135 - 185
1616chain 'L' and (resid 186 through 202 )LB186 - 202186 - 202
1717chain 'L' and (resid 203 through 214 )LB203 - 214203 - 214
1818chain 'A' and (resid 1 through 91 )AD1 - 911 - 91
1919chain 'A' and (resid 92 through 225 )AD92 - 22592 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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