PDB-9i2s: Velvet domain of the transcriptional regulator VeA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2s

タイトル

Velvet domain of the transcriptional regulator VeA

要素

Developmental and secondary metabolism regulator veA

キーワード

CELL CYCLE / Sexual development / secondary metabolism / regulator / veA / velvet family

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose biosynthetic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Velvet domain of the transcriptional regulator VeA
著者: Neumann, P. / Ficner, R.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2s.cif.gz	353.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2s.ent.gz	243.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2s	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: Developmental and secondary metabolism regulator veA

B: Developmental and secondary metabolism regulator veA

C: Developmental and secondary metabolism regulator veA

D: Developmental and secondary metabolism regulator veA

98.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Developmental and secondary metabolism regulator veA

B: Developmental and secondary metabolism regulator veA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 2 ポリマー
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根拠: gel filtration
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.040, 156.080, 52.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Developmental and secondary metabolism regulator veA / Velvet complex subunit A 分子量: 24714.033 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Velvet domain residues 1 to 224 / 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans (カビ) / 遺伝子: veA, ANIA_01052 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8VTV4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350 200 mM (NH4)2SO4 100 mM BisTris/HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→47.21 Å / Num. obs: 34384 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.18 % / B_iso Wilson estimate: 71.49 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 22.93

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.4-2.5	1.821	3879	0.492	2.078	1
2.5-2.6	1.088	3305	0.7	1.246	1
2.6-2.8	0.685	5344	0.831	0.788	1
2.8-8	0.034	20830	1	0.039	1
8-14	0.009	826	1	0.011	1
14-17	0.008	92	1	0.009	1
17-50	0.007	108	1	0.009	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→47.21 Å / SU ML: 0.4735 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2529	1719	5 %
R_work	0.2192	32642	-
obs	0.2209	34361	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5475	0	0	44	5519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	5629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7007	7618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	817
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	1005
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.5766	740

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.47	0.4778	140	0.4106	2651	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.47-2.55	0.4562	140	0.405	2660	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.55-2.64	0.4539	143	0.3964	2705	X-RAY DIFFRACTION	97.43
2.64-2.75	0.3919	140	0.3429	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.75-2.87	0.3708	141	0.3277	2685	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.87-3.02	0.3492	142	0.3066	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.31
3.02-3.21	0.3457	143	0.2817	2713	X-RAY DIFFRACTION	98.14
3.21-3.46	0.2523	143	0.2219	2705	X-RAY DIFFRACTION	97.84
3.46-3.81	0.2243	145	0.209	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.71
3.81-4.36	0.2352	144	0.1891	2736	X-RAY DIFFRACTION	97.93
4.36-5.49	0.1866	146	0.1581	2782	X-RAY DIFFRACTION	98.39
5.49-47.21	0.2249	152	0.201	2870	X-RAY DIFFRACTION	96.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.14645344078	-0.52438248348	-4.59488172504	5.5660824938	-0.919026126762	4.30372287572	0.166867626328	0.569489022641	0.15256185888	0.367580961702	-0.144048928226	0.046682129964	-0.107884954701	-0.26831871116	-0.0314808129826	0.579961177761	0.0353630838413	0.033429575053	0.655386861859	-0.0478949768644	0.524785773683	-22.9425957614	12.7796958565	-21.8184752641
2	6.12086130242	1.59052714706	-2.42522780677	4.85156486055	-0.378729366961	3.10643816913	0.159168490521	0.234339955787	0.613541773756	-0.0351280791033	0.108333229081	0.0382704050285	-0.373339315967	0.157778780628	-0.265983387249	0.699535486679	0.0562453197172	0.0532650504487	0.648333189039	-0.00810569791525	0.518891926744	-17.8686585806	13.5249504617	-26.6476060916
3	2.84286345808	-2.12585456897	-1.37143746454	4.79891396304	2.60814673368	1.30071448661	0.240539155688	0.115761366719	0.2644895704	-0.287796721006	0.0261826037835	0.0708334667203	-0.122997217	0.26700424882	-0.0438004650377	0.652530304182	0.0878748037336	0.0765263203047	0.710955478215	0.0330212559963	0.416112355928	-23.2982456004	7.2470868054	-26.0571806083
4	6.84280912903	0.620147527458	-4.24649951414	3.62260433126	-0.248367976934	3.46763399215	0.182331910704	-0.288194040719	-0.460155384526	0.604811068221	-0.255152654537	0.953436920535	0.141922365583	0.0363779244846	0.0601519578423	0.704420511239	0.0406948344497	0.111674543693	0.586727104527	0.0276630832664	0.741659695218	-33.9060866681	10.7174023926	-11.4956822171
5	7.80687032397	-1.35076879592	-1.19435719156	1.2460898395	2.17550714015	3.90970854612	0.438680024546	-0.378736831675	-1.18405874836	-0.81121385607	-0.20917374874	2.48463103372	0.678099407556	-0.85359442003	0.252760063011	0.805581555063	0.0386087021136	-0.367737639867	0.731067278265	-0.173501285971	1.25927954239	-37.5906651006	-8.13773919631	-29.108859482
6	3.40230913767	1.57848053501	1.64927302749	3.85262027377	1.11598521512	3.44710123533	-0.267018662234	0.810629095601	-0.426307218258	-0.0421565298963	0.535127551203	-2.06233510241	0.84467598134	2.09208370769	0.292219046711	0.977234832287	0.0732474622782	-0.148098883425	1.21911635929	0.0589069955423	1.05325100992	-8.34556337132	-13.7927624656	-14.6512629697
7	5.14610323408	-3.0084154189	1.4847025936	5.91453969241	-1.80569386132	2.93734535109	0.430560522647	0.492049283119	-0.698998226369	-1.33265444858	-0.0831300872668	0.863131736765	0.31355388882	-0.143955531223	-0.238593892788	0.958961578766	0.10215112788	-0.26152322794	0.621728664189	-0.0760136302421	0.687295834144	-31.8241856012	-10.260296939	-30.0680588455
8	5.17838740992	0.142206542781	0.61398894266	3.82024564481	0.142053852332	4.4187700878	-0.291050438978	0.56055239377	0.601356379123	0.74008133248	-0.246833515329	-0.154160683338	-0.426832436385	0.764529425867	0.269667207667	0.835465991243	0.183432192138	-0.0307968968253	0.443746653927	-0.0791223679721	0.603617211765	-16.8293189441	-3.72209995712	-16.8172853946
9	3.80201334177	-2.01056685155	1.75707802602	6.20972920041	-1.56613884589	6.61255826926	0.405472865926	0.502553264572	-0.124949048726	-0.719825211097	-0.39029371254	0.241628799291	0.526273871091	-0.13361861361	-0.26595616946	0.786111951237	0.0640149464765	-0.00312875951932	0.620345453249	-0.0294493671505	0.592722083003	-22.5678617028	-10.1990555971	-25.4685131382
10	7.40159519753	0.153950447474	-0.201268400872	4.15355384167	2.03704616705	3.29703171887	1.96098465307	2.71770851294	0.164703818652	-1.7785605938	-0.98363374361	0.99255954274	1.27983907067	-0.0337313900992	-0.9562192711	2.41709923012	0.411629939645	-0.389669925747	1.86239380654	-0.112295696273	1.25557748889	-33.1973666693	4.30550089951	-40.0340172295
11	2.71840800903	-0.58679569641	2.60497068189	5.3742963096	-2.06142175491	3.11905307435	0.235724380049	-0.550999601282	0.203312313996	0.536776092164	-0.101447562668	-0.767807068685	-0.00706812312237	-0.138780392902	0.176514079224	0.775370462717	0.0823848599211	-0.0890072485457	0.700652628566	-0.0668187235678	0.613920662722	-15.2559436065	-10.2706678633	-13.8545291495
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 15 through 72 )	A	A	15 - 72	1 - 58
2	2	chain 'A' and (resid 73 through 133 )	A	A	73 - 133	59 - 106
3	3	chain 'A' and (resid 134 through 188 )	A	A	134 - 188	107 - 145
4	4	chain 'A' and (resid 189 through 212 )	A	A	189 - 212	146 - 169
5	5	chain 'B' and (resid 15 through 38 )	B	B	15 - 38	1 - 24
6	6	chain 'B' and (resid 39 through 56 )	B	B	39 - 56	25 - 40
7	7	chain 'B' and (resid 57 through 99 )	B	B	57 - 99	41 - 83
8	8	chain 'B' and (resid 100 through 124 )	B	B	100 - 124	84 - 97
9	9	chain 'B' and (resid 125 through 160 )	B	B	125 - 160	98 - 133
10	10	chain 'B' and (resid 161 through 187 )	B	B	161 - 187	134 - 144
11	11	chain 'B' and (resid 188 through 212 )	B	B	188 - 212	145 - 169
12	12	chain 'C' and (resid 15 through 38 )	C	C	15 - 38	1 - 24
13	13	chain 'C' and (resid 39 through 53 )	C	C	39 - 53	25 - 39
14	14	chain 'C' and (resid 54 through 73 )	C	C	54 - 73	40 - 59
15	15	chain 'C' and (resid 74 through 99 )	C	C	74 - 99	60 - 85
16	16	chain 'C' and (resid 100 through 124 )	C	C	100 - 124	86 - 101
17	17	chain 'C' and (resid 125 through 187 )	C	C	125 - 187	102 - 148
18	18	chain 'C' and (resid 188 through 212 )	C	C	188 - 212	149 - 173
19	19	chain 'D' and (resid 15 through 38 )	D	D	15 - 38	1 - 24
20	20	chain 'D' and (resid 39 through 53 )	D	D	39 - 53	25 - 39
21	21	chain 'D' and (resid 54 through 73 )	D	D	54 - 73	40 - 59
22	22	chain 'D' and (resid 74 through 88 )	D	D	74 - 88	60 - 74
23	23	chain 'D' and (resid 89 through 133 )	D	D	89 - 133	75 - 108
24	24	chain 'D' and (resid 134 through 160 )	D	D	134 - 160	109 - 135
25	25	chain 'D' and (resid 161 through 202 )	D	D	161 - 202	136 - 161
26	26	chain 'D' and (resid 203 through 212 )	D	D	203 - 212	162 - 171

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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