PDB-9i2p: Crystal structure of Listeria monocytogenes ChiA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2p

タイトル

Crystal structure of Listeria monocytogenes ChiA

要素

chitinase

キーワード

HYDROLASE / chitinase / Listeria monocytogenes / ChiA / GH18

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase / chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Rehman, S. / Garnett, J.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure and analysis of Listeria monocytogenes ChiA
著者: Rehman, S. / Garnett, J.A.

履歴

登録	2025年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2p.cif.gz	146.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2p.ent.gz	112.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i2p_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i2p_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	9i2p_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	9i2p_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDWK5associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: chitinase

B: chitinase

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: chitinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: chitinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.041, 59.146, 67.609
Angle α, β, γ (deg.)	94.308, 110.69, 111.596
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 1 - 323 / Label seq-ID: 1 - 323

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	chitinase 分子量: 35223.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: lmo1883 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y619, chitinase

-
非ポリマー , 5種, 406分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) glycerol, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM (RS)-1,2-propanediol, 20 mM 2-propanol, 20 mM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol, 100 mM 2-(N- ...詳細: 10% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) glycerol, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM (RS)-1,2-propanediol, 20 mM 2-propanol, 20 mM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol, 100 mM 2-(N-morpholino) ethane sulfonic acid (MES), 100 mM imidazole

結晶

マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) glycerol, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM (RS)-1,2-propanediol, 20 mM 2-propanol, 20 mM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol, 100 mM 2-(N- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45.67 Å / Num. obs: 48104 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Num. unique obs: 3600 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→45.592 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2256	2399	4.985 %
R_work	0.1798	45726	-
all	0.182	-	-
obs	-	48104	92.864 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.288 Å²	0.911 Å²	-0.467 Å²
2-	-	1.97 Å²	-0.83 Å²
3-	-	-	-2.881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.592 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4978	0	22	400	5400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	5115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	4734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.804	1.785	6955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.756	10912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.29	5	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.409	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.745	10	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.822	10	234
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.023	0.02	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.125	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.1	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.642	1.481	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.634	1.48	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.71	2.639	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.713	2.639	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.929	1.984	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.928	1.985	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.254	3.349	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.253	3.35	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.673	15.962	5917
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.673	15.699	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	10518

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08164	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08164	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.998	0.297	165	0.269	3337	X-RAY DIFFRACTION	91.0083
1.998-2.052	0.299	159	0.261	3253	X-RAY DIFFRACTION	91.0109
2.052-2.112	0.286	168	0.23	3159	X-RAY DIFFRACTION	92.0332
2.112-2.176	0.247	160	0.212	3091	X-RAY DIFFRACTION	92.4105
2.176-2.248	0.239	155	0.213	3062	X-RAY DIFFRACTION	94.8688
2.248-2.326	0.246	154	0.188	2846	X-RAY DIFFRACTION	90.6071
2.326-2.414	0.261	147	0.186	2735	X-RAY DIFFRACTION	90.8862
2.414-2.512	0.233	136	0.171	2707	X-RAY DIFFRACTION	92.0661
2.512-2.623	0.228	135	0.171	2568	X-RAY DIFFRACTION	91.8139
2.623-2.751	0.28	139	0.177	2467	X-RAY DIFFRACTION	92.3458
2.751-2.899	0.208	111	0.156	2362	X-RAY DIFFRACTION	93.1099
2.899-3.074	0.19	131	0.151	2221	X-RAY DIFFRACTION	92.562
3.074-3.286	0.23	116	0.152	2074	X-RAY DIFFRACTION	92.6004
3.286-3.547	0.203	98	0.164	2033	X-RAY DIFFRACTION	95.0491
3.547-3.884	0.201	97	0.155	1836	X-RAY DIFFRACTION	94.3387
3.884-4.338	0.196	86	0.153	1670	X-RAY DIFFRACTION	96.7493
4.338-5.002	0.171	79	0.135	1536	X-RAY DIFFRACTION	98.4756
5.002-6.107	0.199	74	0.187	1240	X-RAY DIFFRACTION	95.1484
6.107-8.561	0.182	52	0.175	978	X-RAY DIFFRACTION	96.4419
8.561-45.592	0.153	37	0.17	551	X-RAY DIFFRACTION	97.351

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