PDB-9i2l: BtuJ2 - DUF4465 domain containing protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2l

タイトル

BtuJ2 - DUF4465 domain containing protein

要素

DUF4465 domain-containing protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane / B12 binding / Lipoprotein

機能・相同性

Protein of unknown function DUF4465 / Domain of unknown function (DUF4465) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / CYANOCOBALAMIN / DUF4465 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Clarke, C. / Banasik, M. / Pickersgill, R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Extracellular Vesicle-Linked Vitamin B12 Acquisition via Novel Binding Proteins in Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Juodeikis, R. / Ulrich, R. / Clarke, C. / Banasik, M. / Deery, E. / Saalbach, G. / Krautler, B. / Carding, S.R. / Geeves, M.A. / Pickersgill, R. / Warren, M.J.

履歴

登録	2025年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2l.cif.gz	210.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2l.ent.gz	165.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i2l_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i2l_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9i2l_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	9i2l_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fctC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

B: DUF4465 domain-containing protein

A: DUF4465 domain-containing protein

ヘテロ分子

70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: DUF4465 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer, The protein co-elutes with B12 as ligand
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DUF4465 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.746, 97.98, 70.472
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 49 - 303 / Label seq-ID: 50 - 304

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	DUF4465 domain-containing protein 分子量: 33810.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lipoprotein export sequence removed, His-tagged 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_1957 / プラスミド: pET14b / 詳細 (発現宿主): Ampicillin resistance / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8A6C7
#2: 化合物	ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN 分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₃H₈₉CoN₁₄O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: Shards with a distinctly red color
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 29% w/v PEG, 0.2M sodium citrate pH 3.5 / PH範囲: 3-4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→81.09 Å / Num. obs: 66258 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.12 Å² / CC_1/2: 0.968 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.1 / R_rim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 1.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / Num. unique obs: 66258 / CC_1/2: 0.381

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
autoPROC	1.1.7	データ削減
STARANISO	2.3.94	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.73→70.472 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 16.605 / SU ML: 0.317 / Average fsc free: 0.9457 / Average fsc work: 0.9685 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.392 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2609	754	4.823 %
R_work	0.1849	14881	-
all	0.188	-	-
obs	-	15635	97.89 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.391 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.951 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.531 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→70.472 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4069	0	188	53	4310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.506	1.846	6047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.024	1.779	8678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.633	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.282	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.952	10	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.829	10	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.315	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.751	3.709	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.751	3.71	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.917	6.659	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.918	6.66	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.311	3.979	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.31	3.978	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.806	7.161	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.805	7.16	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.555	37.177	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.555	37.177	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	8253

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10622	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10622	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.73-2.801	0.374	49	0.327	1089	0.329	1159	0.91	0.913	98.1881	0.306
2.801-2.877	0.372	37	0.287	1096	0.289	1137	0.911	0.94	99.6482	0.266
2.877-2.961	0.398	46	0.268	1031	0.273	1077	0.917	0.948	100	0.234
2.961-3.052	0.305	53	0.236	1006	0.239	1060	0.936	0.959	99.9057	0.205
3.052-3.152	0.293	50	0.214	981	0.218	1031	0.933	0.967	100	0.188
3.152-3.262	0.285	49	0.197	971	0.201	1020	0.944	0.972	100	0.168
3.262-3.385	0.255	60	0.192	906	0.195	966	0.952	0.975	100	0.166
3.385-3.523	0.237	43	0.185	766	0.188	940	0.962	0.977	86.0638	0.157
3.523-3.679	0.23	48	0.148	732	0.152	907	0.966	0.986	85.9978	0.131
3.679-3.858	0.185	41	0.147	810	0.149	851	0.985	0.987	100	0.13
3.858-4.066	0.317	41	0.166	738	0.174	829	0.871	0.981	93.9686	0.151
4.066-4.312	0.192	44	0.175	739	0.176	783	0.975	0.978	100	0.158
4.312-4.608	0.264	30	0.131	703	0.136	735	0.959	0.988	99.7279	0.124
4.608-4.976	0.203	34	0.135	664	0.139	698	0.976	0.988	100	0.125
4.976-5.448	0.268	27	0.143	620	0.147	647	0.962	0.988	100	0.132
5.448-6.086	0.205	23	0.165	556	0.167	579	0.973	0.986	100	0.154
6.086-7.019	0.224	26	0.146	489	0.149	515	0.968	0.988	100	0.139
7.019-8.575	0.299	23	0.17	429	0.176	452	0.948	0.98	100	0.165
8.575-12.039	0.237	17	0.169	344	0.172	361	0.962	0.982	100	0.173
12.039-70.472	0.289	13	0.266	211	0.268	225	0.964	0.957	99.5556	0.268

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関連情報:EMDBヘッダ

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