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- PDB-9i2a: FdC of Rhodobacter capsulatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i2a
タイトルFdC of Rhodobacter capsulatus
要素Ferredoxin-4
キーワードELECTRON TRANSPORT / Ferredoxin / Fdc / Fdx / Rhodobacter / Nitrogenase / Nitrogen / Fixation / Anaerobe / Anoxic / FeS / Iron / Sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pfister, P. / Addison, H.G. / Erb, T.J. / Rebelein, J.G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2025
タイトル: Two Key Ferredoxins for Nitrogen Fixation Have Different Specificities and Biophysical Properties.
著者: Addison, H. / Pfister, P. / Lago-Maciel, A. / Erb, T.J. / Pierik, A.J. / Rebelein, J.G.
履歴
登録2025年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-4
B: Ferredoxin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9254
ポリマ－22,5742
非ポリマー3522
水1,820101
1
A: Ferredoxin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4632
ポリマ－11,2871
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferredoxin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4632
ポリマ－11,2871
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.870, 45.830, 85.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin-4 / Ferredoxin IV / FdIV / Ferredoxin / plant-type


分子量: 11286.864 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Ai / 参照: UniProt: D5ARY7
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0,1 M Tris 8 20 % w/v SOKALAN PA 25 CL in anoxic environment

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryojet / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.36
反射解像度: 1.6→24.17 Å / Num. obs: 24473 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Num. unique obs: 3519 / CC1/2: 0.887

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1842 1988 9.75 %
Rwork0.1773 --
obs0.1894 20381 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 0 101 1528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.551935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.95552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.23351390.27491248X-RAY DIFFRACTION90
1.74-1.790.2681380.2491307X-RAY DIFFRACTION90
1.79-1.840.22431400.23481304X-RAY DIFFRACTION90
1.84-1.90.2181420.23171290X-RAY DIFFRACTION90
1.9-1.970.24191380.21131283X-RAY DIFFRACTION90
1.97-2.050.20591390.22341291X-RAY DIFFRACTION90
2.05-2.140.19081440.21571314X-RAY DIFFRACTION90
2.14-2.250.24461410.20431294X-RAY DIFFRACTION90
2.25-2.40.19191430.20771313X-RAY DIFFRACTION90
2.4-2.580.20681410.20471318X-RAY DIFFRACTION90
2.58-2.840.2081350.19691336X-RAY DIFFRACTION91
2.84-3.250.23411480.17391325X-RAY DIFFRACTION90
3.25-4.080.16131460.1691347X-RAY DIFFRACTION90
4.09-19.340.15021540.14721423X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.6108 Å / Origin y: -1.4827 Å / Origin z: -4.5526 Å
111213212223313233
T0.1785 Å2-0.0078 Å2-0.0053 Å2-0.2255 Å20.0089 Å2--0.0673 Å2
L0.1959 °2-0.1083 °2-0.016 °2-0.5381 °20.6364 °2--1.1773 °2
S0.024 Å °-0.0262 Å °0.0056 Å °-0.0198 Å °-0.0174 Å °0.0189 Å °-0.0212 Å °-0.0587 Å °0.0035 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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