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- PDB-9i1s: Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i1s
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13 in complex with myricetin
要素Helicase nsp13
キーワードHYDROLASE / NSP13 / Helicase / SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MYC / PHOSPHATE ION / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Kloskowski, P. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Myricetin-bound crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13 facilitates the discovery of novel natural inhibitors.
著者: Kloskowski, P. / Neumann, P. / Kumar, P. / Berndt, A. / Dobbelstein, M. / Ficner, R.
履歴
登録2025年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helicase nsp13
B: Helicase nsp13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,80715
ポリマ－134,2982
非ポリマー1,50913
水4,143230
1
A: Helicase nsp13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7447
ポリマ－67,1491
非ポリマー5956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Helicase nsp13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0628
ポリマ－67,1491
非ポリマー9147
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.327, 70.632, 86.149
Angle α, β, γ (deg.)103.11, 96.10, 112.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Helicase nsp13 / Hel / Non-structural protein 13 / nsp13


分子量: 67148.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, DNA helicase, RNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 243分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MYC / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / 2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 3,3',4',5,5',7-HEXAHYDROXYFLAVONE / MYRICETIN / CANNABISCETIN / ミリセチン


分子量: 318.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16 % Ethylene Glycol, 8 % PEG 8000, 0.05 M Na HEPES, 0.05 M MOPS, 0.03 M Sodium nitrate, 0.03 M Sodium phosphate dibasic, 0.03 M Ammonium sulfate, 9 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.088→62.615 Å / Num. obs: 67228 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.088→2.124 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3108 / CC1/2: 0.809 / Rpim(I) all: 0.49 / Rrim(I) all: 0.812 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
autoPROC1.1.7データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
REFMAC5.8.0425位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.09→35.63 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 3349 4.99 %
Rwork0.2148 --
obs0.2161 67055 91.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→35.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8912 0 75 230 9217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76812523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0153272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.120.41481450.36852423X-RAY DIFFRACTION84
2.12-2.150.35411110.34982292X-RAY DIFFRACTION78
2.15-2.180.36261190.33742495X-RAY DIFFRACTION87
2.18-2.220.35961390.32762691X-RAY DIFFRACTION93
2.22-2.260.34181500.31712729X-RAY DIFFRACTION94
2.26-2.30.34661230.2972768X-RAY DIFFRACTION94
2.3-2.340.31481260.28742738X-RAY DIFFRACTION94
2.34-2.390.30771380.2732711X-RAY DIFFRACTION94
2.39-2.440.29491560.2692717X-RAY DIFFRACTION94
2.44-2.50.29071220.26052699X-RAY DIFFRACTION94
2.5-2.560.31151320.27362736X-RAY DIFFRACTION93
2.56-2.630.28511550.24952705X-RAY DIFFRACTION93
2.63-2.710.2771300.23952709X-RAY DIFFRACTION93
2.71-2.790.2761450.24312644X-RAY DIFFRACTION92
2.79-2.890.28251480.23462618X-RAY DIFFRACTION91
2.89-3.010.29671490.2382481X-RAY DIFFRACTION87
3.01-3.150.27691230.25062395X-RAY DIFFRACTION82
3.15-3.310.23731580.22032801X-RAY DIFFRACTION96
3.31-3.520.27281410.20752803X-RAY DIFFRACTION96
3.52-3.790.211390.19552750X-RAY DIFFRACTION96
3.79-4.170.20531520.17472773X-RAY DIFFRACTION95
4.17-4.780.17581440.16682725X-RAY DIFFRACTION94
4.78-6.010.20211690.18422469X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.2981-2.4638-1.37728.06871.70379.50650.65090.95250.3748-0.8993-0.2104-0.79140.28710.3498-0.42730.50990.10270.04470.42180.03010.58380.6626-8.2589-43.1054
27.38393.7962.56512.31061.99548.35360.01880.1395-0.61520.093-0.0455-0.23310.35-0.032-0.02920.4193-0.00380.03170.1989-0.05390.3761-10.8096.5823-29.9923
39.9617-1.14771.27479.7895-0.28465.438-0.0255-0.22080.9287-0.04210.2188-0.15-1.90670.0467-0.19490.9009-0.09320.08540.4947-0.05910.5349-36.895314.5883-41.4641
44.8565-2.0126-0.85723.39282.65719.470.1180.24581.6258-0.87530.5589-0.2547-3.1762-0.1098-0.61761.346-0.040.12760.610.08440.8075-38.782119.8662-44.2139
51.8781.53940.53127.9481.91563.0866-0.07820.17060.0111-0.27940.2199-0.3258-0.07470.0108-0.17390.24160.03320.10430.31940.0150.2683-0.766629.8429-31.1323
63.09091.00680.35666.00430.13596.61710.10310.08320.4169-0.2343-0.15650.3281-0.4037-0.25460.06550.21430.01740.01350.2106-0.00520.3976-8.864639.2023-28.8749
71.40940.5645-0.56964.50190.00093.25320.00430.1552-0.0181-0.3362-0.15370.18850.1314-0.29610.12140.20260.0142-0.04120.2857-0.06960.3499-10.033827.0376-29.4756
88.9751.89331.7373.90790.73042.9049-0.0364-0.26260.04850.18930.05210.1193-0.1312-0.065-0.01970.30530.01140.07730.21870.0010.1945-32.09627.4344-12.0634
91.05772.20140.61068.12265.2475.1120.7678-0.0389-0.90641.12140.3485-1.27951.16750.7921-1.06531.266-0.0016-0.4040.6684-0.16250.86773.441957.3955-55.9446
103.4344-0.8570.7546.5719-0.15099.69030.2324-0.41020.39071.72880.2344-0.82780.05360.1141-0.45391.057-0.0547-0.24990.3847-0.10190.5621-6.815841.225-69.041
118.43358.2298-1.02398.7245-2.30022.40330.38790.96831.2566-0.3350.31111.71520.0538-0.3924-0.67320.84360.0370.00521.01970.0671.0188-35.591435.3129-67.644
129.95993.11546.53656.16217.53112.00242.36740.1987-2.3467-0.324-0.9414-0.42472.08-2.2916-1.38341.5468-0.1198-0.39271.1845-0.16561.0799-32.669129.256-63.6823
135.2846-1.43485.0738.2704-4.16536.41272.30240.5642-0.75660.1475-0.97532.05651.2532-0.0001-1.38421.21820.0014-0.25111.02360.13991.2264-38.629529.9147-62.7367
142.7284-2.01150.49165.3968-0.13092.1833-0.4323-0.61780.14491.47280.5423-0.86940.43020.3669-0.12131.13580.005-0.41890.8348-0.01630.65771.017518.3178-62.5848
151.6305-0.43730.55385.09360.03064.2931-0.1018-0.4741-0.07351.74580.0677-0.57430.31850.04590.02540.95640.0207-0.20490.4546-0.05940.5166-7.147315.8547-67.3377
166.077-2.24262.32256.23850.32581.63260.0527-0.0515-0.25380.26320.06550.50730.1148-0.1073-0.11510.3748-0.0760.11140.31060.06890.2189-23.391118.683-90.0318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 100 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 101 through 150 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 151 through 203 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 208 through 226 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 227 through 259 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 260 through 336 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 340 through 441 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 442 through 593 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 94 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 103 through 150 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 151 through 185 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 194 through 202 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 207 through 226 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 227 through 259 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 260 through 441 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 442 through 592 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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