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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9i1m | ||||||
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タイトル | Structure of AauA, a sugar-binding protein with its substrate | ||||||
![]() | Sugar-binding protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / sugar / transporter / E.coli / substrate-binding protein | ||||||
機能・相同性 | : / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / : / Sugar-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Josts, I. / Cottam, C. / Connolly, J.P.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of AauA, a sugar-binding protein with its substrate 著者: Josts, I. / Cottam, C. / Connolly, J.P.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35697.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 糖 | ChemComp-A1IZL / ( | タイプ: saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→38.9 Å / Num. obs: 50386 / % possible obs: 79.1 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 574 / CC1/2: 0.98 / % possible all: 18.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.456 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.35→38.9 Å
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拘束条件 |
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