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万見
- PDB-9i1h: Crystal structure of human CD73 (ecto-5'-nucleotidase) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i1h
タイトルCrystal structure of human CD73 (ecto-5'-nucleotidase) in complex with the AMPCP analog PSB-17230 in the closed state (crystal form IV)
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / nucleotide inhibitor / immuno-oncology / radioligand binding / dizinc enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / IMP-specific 5'-nucleotidase / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / IMP-specific 5'-nucleotidase / AMP catabolic process / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / Nicotinate metabolism / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Strater, N. / Moschuetz, S. / Idris, R.M. / Al-Hroub, H. / Schmies, C.C. / Muller, C.E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 1328 ドイツ
引用ジャーナル: Biomed Pharmacother / 年: 2025
タイトル: Design, development and evaluation of a tritium-labeled radiotracer for ecto-5'-nucleotidase (CD73) - A versatile research tool and diagnostic agent for personalized medicine.
著者: Idris, R.M. / Al-Hroub, H. / Schmies, C.C. / Riziki, P. / Renn, C. / Claff, T. / Sylvester, K. / Moschutz, S. / Reinhardt, J. / Deuter-Conrad, W. / Dietrich, J.M. / Toma, M. / Fleischmann, B. ...著者: Idris, R.M. / Al-Hroub, H. / Schmies, C.C. / Riziki, P. / Renn, C. / Claff, T. / Sylvester, K. / Moschutz, S. / Reinhardt, J. / Deuter-Conrad, W. / Dietrich, J.M. / Toma, M. / Fleischmann, B.K. / Wenzel, D. / Zimmermann, H. / Holzel, M. / Strater, N. / Muller, C.E.
履歴
登録2025年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月11日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
B: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0018
ポリマ－124,5562
非ポリマー1,4456
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area40830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)95.168, 233.606, 54.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 62277.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-A1IZZ / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-chloranyl-6-[(phenylmethyl)-propyl-amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 591.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28ClN5O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5 % PEG 200, 10 mM PSB-17230, 20 % PEG 3350, 10 microM ZnCl2 and 0.1 M Tris pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→88.13 Å / Num. obs: 48282 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.216 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 271774
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / % possible obs: 46.5 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.719 / Num. measured all: 5838 / Num. unique obs: 2161 / CC1/2: 0.425 / Rpim(I) all: 1.098 / Rrim(I) all: 2.059 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
autoBUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.35→88.13 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 47.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3156 2335 4.94 %
Rwork0.2667 --
obs0.2691 47223 92.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→88.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8176 0 80 75 8331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60111428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7593156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.40.4725300.5081661X-RAY DIFFRACTION23
2.4-2.450.45341170.42351998X-RAY DIFFRACTION71
2.45-2.510.42761410.39532519X-RAY DIFFRACTION90
2.51-2.570.44591650.40042744X-RAY DIFFRACTION97
2.57-2.640.41521370.38392763X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.720.45611270.37672851X-RAY DIFFRACTION99
2.72-2.810.39241580.36292765X-RAY DIFFRACTION99
2.81-2.910.39091480.32832785X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.030.41961320.30332847X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.160.40971100.29352842X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.330.30391480.28042826X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.540.29481630.27452842X-RAY DIFFRACTION99
3.54-3.810.2921480.23492846X-RAY DIFFRACTION99
3.81-4.20.27631320.21442893X-RAY DIFFRACTION99
4.2-4.80.25831580.19772865X-RAY DIFFRACTION99
4.81-6.050.25411690.2222918X-RAY DIFFRACTION99
6.05-88.130.28151520.23732923X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17870.76370.54072.30410.16981.7834-0.17610.1737-0.0875-0.12090.0453-0.2795-0.180.1741-00.80610.04670.05020.6050.08470.630825.440416.3624.1379
20.71980.41070.28062.3209-0.54630.9038-0.0629-0.15680.05970.32970.06930.179-0.00710.054900.83390.06690.02170.71850.05160.438617.847118.608212.4045
32.1776-0.21940.73614.88631.01453.0480.29270.1601-0.0778-0.67030.11090.0893-0.27130.05010.00190.96830.040.08860.50490.00640.57319.074249.23253.2946
41.8285-1.0296-1.04866.04342.61121.36650.28820.5679-0.2503-1.3364-0.4808-0.2919-0.0202-0.0167-0.14380.50710.13620.39060.7132-0.0520.656824.9194.90579.5555
50.47010.1172-0.28460.2404-0.04020.1819-0.10260.15970.1612-0.1854-0.0991-0.85420.05390.1597-0.3908-0.06570.21370.24460.6425-0.25240.888229.512599.576618.5847
62.2007-0.17210.04072.60640.10882.7937-0.0553-0.23240.06440.2676-0.1693-0.11720.321-0.1084-0.03170.17330.04230.13790.5416-0.11960.584416.1344102.607625.2346
70.98260.2646-0.33433.03360.67220.7523-0.0202-0.3148-0.1564-0.0499-0.0752-0.85210.4942-0.01770.02090.5853-0.03360.11980.69970.02190.786525.115878.054917.5878
80.3161-0.5887-0.12651.1647-0.09741.10530.1215-0.0518-0.22471.2398-0.16840.37230.24860.107501.0958-0.0710.14870.6758-0.05820.625811.542166.71327.344
90.33110.22580.15312.28150.11850.41930.0823-0.08040.15710.8907-0.1967-0.88970.269-0.0559-0.03050.6876-0.06560.22110.69730.03250.864725.636566.450420.6587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 209 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 210 through 349 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 350 through 549 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 26 through 60 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 61 through 128 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 129 through 294 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 295 through 439 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 440 through 514 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 515 through 549 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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